Взявшие в ночь с 17 на 18 сентября Пушкин (бывшее Царское Село) фашисты знали, где и что искать: в конце 1930-х в СССР побывала группа немецких искусствоведов под руководством ведущего эксперта Нильса фон Хольста, руководившего внешними связями музеев Берлина. К началу войны у Кунсткомиссион, которой руководил Хольст, имелся подготовленный тайно список культурных ценностей из советских музеев для вывоза в Германию. Янтарная комната, как утверждают специалисты музея-заповедника «Царское Село», стояла в нем под номером один.
Уже 29 сентября, через 12 дней после начала оккупации, в Екатерининском дворце появились два «военных искусствоведа» и шесть человек из строительной роты под руководством унтер-офицера. Янтарную комнату демонтировали, упаковали и вывезли, это произошло к 10 октября 1941 г. Такая скорость работ подтверждает, что к вывозу ценностей тщательно готовились, и подготовка началась еще до начала войны.
Руководил похищением Янтарной комнаты Эрнст Отто фон Сольмс-Лаубах – граф, полковник немецкой армии и доктор искусствоведения.
27 ящиков с янтарными панно отправили в Кёнигсберг благодаря настойчивости доктора Альфреда Роде, в военные годы директора Художественных собраний Кёнигсберга. Роде был большим знатоком янтаря, и, возможно, именно благодаря ему Янтарная комната оказалась в Кёнигсберге, где заботливо оберегалась и даже реставрировалась. Он же был хранителем Янтарной комнаты в течение последних четырех лет ее пребывания в Королевском замке.
9 августа 1941 г. Роде написал гауляйтеру Восточной Пруссии Эриху Коху письменное обращение: «В огне войны гибнут многие культурные и исторические ценности мирового значения. Не исключено, что такая участь может постичь и знаменитейшее произведение рук выдающихся мастеров Янтарную комнату, национальную гордость Германии, находящуюся ныне в Екатерининском дворце города Пушкин (Царское Село). Необходимо принять все меры для возвращения этого шедевра в лоно Родины и, поскольку она сделана из прусского янтаря, в Восточную Пруссию, в Кёнигсберг. Как директор музеев искусств Кёнигсберга, я гарантирую принятие и размещение в одном из помещений Кёнигсбергского замка».
В дарственной книге Кёнигсбергского музея на 141-й странице под № 200 от 5 декабря 1941 г. есть запись о том, что Янтарная комната из 143 предметов подарена музею Германским государственным управлением дворцов и садов. В немецком журнале «Пантеон» ранней весной 1942 г. появились фотографии смонтированных интерьеров.
Одна из четырех флорентийских мозаик Янтарной комнаты – «Осязание и обоняние» – по дороге из Пушкина в Кёнигсберг пропала, и нашли её только в 1990-х в германском Бремене.
После пожара в августе 1944 г., вызванного массированным налетом английской авиации, панели снова разобрали, упаковали в ящики и хранили в Орденском зале замка. Там они оставались вплоть до 6 апреля 1945 г., когда советские войска начали штурм Кёнигсберга. Тогда же Альфред Роде передал в Берлин в ведомство по вопросам культуры последнее известное на сегодняшний день сообщение, касающееся судьбы двухсот янтарных панелей: «Я занимаюсь упаковкой Янтарной комнаты в ящики». 11 апреля в здании начался пожар, после чего об уникальном шедевре никаких сведений нет – провал.
Начался долгий, кропотливый, драматичный процесс поиска памятника.
Их основным действующим лицом был Александр Яковлевич Брюсов – доктор исторических наук, сотрудник Государственного Исторического музея и Института истории материальной культуры, брат поэта Валерия Брюсова. Он первым начал поиск Янтарной комнаты, по официальному поручению выехав с бригадой Комитета по делам культурно-просветительных учреждений в мае 1945 г. в Кёнигсберг. Но Альфред Роде, который занимался эвакуацией Янтарной комнаты из Королевского замка, сумел убедить Александра Брюсова, что Янтарная комната погибла.