Командир одного из кораблей соединения, контр-адмирал Комура, назвал акцию соединения «операция симпу (камикадзе)», добавив, что, в отличие от действий воздушных сил, у нее нет ни малейшего шанса поразить цель. В ходе бесполезного и самоубийственного похода группы «Ямато» старший лейтенант военно-морского флота Бан Усубути заявил, что эта проигрышная акция японских кораблей лучший способ для осознания порочности войны, которую ведет Япония: «Кроме проигрыша, не существует пути осознания. Только после проигрыша японский народ осознает, что Япония была плохой». Действительно, победа, следующая за победой, укрепляет в умах людей мнение в правоте их действий. Напротив, поражение заставляет задуматься о том, правильно ли действуют их руководители, и правильно ли они поступают сами.
Перед выходом в море с кораблей были списаны все матросы старше 40 лет — борьба с врагом опять была поручена молодым. В числе команды «Ямато» было даже трое пятнадцатилетних юношей (Такахаси Минору, Оно Кадзуо и Миякава Сатоси), которых включили в список офицеры, готовившие экипаж к походу.
«Ямато» вышел со своей группой по направлению к Окинаве с базы Токуяма (префектура Ямагути) из Внутреннего Японского моря 6 апреля 1945 года. Трагедия разыгралась утром следующего дня. Японские корабли были атакованы американской авиацией около мыса Боно, расположенного на юго-западной оконечности Кюсю. Линкор был главной целью американцев. Они бросали на «Ямато» одновременно большие группы самолетов. Основную работу выполнял 58-й маневренный отряд американской авиации, более ста машин которого бомбили флагман. Однако в общей сложности в атаках было использовано почти 400 самолетов.
Огневая мощь «Ямато», у которого один снаряд орудий главного калибра весил более тонны, оказалась бесполезной. Одним залпом из самых больших его пушек, произведенным по группе из четырнадцати американских самолетов, было сбито сразу 6 машин. Но и американские летчики хорошо знали свое дело. В левый борт линкора врезались 9 торпед и 1 — в правый. Пять авиабомб упало на палубу корабля с левого борта. Еще одна бомба попала в переднее носовое орудие главного калибра, по американской версии, две из десяти торпед поразили «Ямато» сзади, попав в корму. Через 22 часа после начала американских атак горящий корабль взорвался, разломился на две части и затонул, увлекая за собой в воды Восточно-Китайского моря 2498 человек. Пламя от взрыва взметнулось, по словам очевидцев, на два километра, дым поднялся на высоту шести километров.
Американцами также были потоплены крейсер «Яхаги» и 4 эсминца — «Асасимо», «Хамакадзе», «Касуми» и «Исокадзе» (два последних были из-за сильных повреждений затоплены самими японцами). Четыре оставшихся корабля вернулись на базу в Сасэбо. Общие потери в людях составили более 3000 человек. Погибли командующий соединением Ито и командир «Ямато» Арига. В противоположность тысячам погибших японцев, в этом самом коротком столкновении американцы потеряли всего чуть больше десятка человек.
Хотя Япония после сражения 7 апреля 1945 года у острова Кюсю еще располагала определенным количеством боевых кораблей (по разным оценкам империя имела к лету 1945 года от 100 до 500 кораблей), гибель оперативного соединения при Бономисаки ознаменовала собой практически прекращение существования Объединенного императорского флота Японии.