Потеря большого количества людей и ведущих кораблей привела командование Объединенного императорского флота в шок. На дно ушли первоклассные авианосцы, подорвавшие 7 декабря 1941 года морскую боевую мощь Тихоокеанского флота Америки, погибли многие опытные пилоты, в том числе участники нападения на Пёрл-Харбор. Народу Японии, находившемуся в информационной изоляции и получавшему односторонние сведения из пропагандистских милитаристских источников, о поражении сообщено не было. Из средств массовой информации японцы узнали только об удачной высадке десанта на Алеутские острова. Позже, когда невезение и проигрыши в сражениях начали следовать одно за другим, умалчивание правды и негативных для самурайского боевого духа фактов стало заурядным явлением. О многих военных неудачах японцы узнавали лишь позднее или не узнавали вообще.
Большие потери японского флота в людях и кораблях вынудили Ставку верховного командования перейти в конце июня 1942 года к обороне на линиях: Алеутские острова, Уэйк, Маршалловы, Соломоновы и острова Гильберта на востоке Тихого океана, Новая Гвинея, Тимор, Ява и Суматра на юге и Андаманские и Никобарские острова на западе, в Индийском океане. В то время как японцы теряли силы, американцы продолжали накапливать их, хотя для активных наступательных операций у них еще пока не было достаточного количества кораблей и людей. План последовательного отвоевывания занятых японцами территорий был уже составлен.
В августе — ноябре 1942 года японское командование предприняло еще одну попытку овладеть юго-востоком Новой Гвинеи и Порт-Морсби. Но и второе наступление окончилось неудачей.
Следующее поражение настигло японцев в сражении за остров Гуадалканал (Гадаруканаруто), входящий в состав Соломоновых островов. Этот остров был местом первой высадки союзных войск на захваченные японцами в Тихом океане территории. После ожесточенных боев, начатых в августе 1942 года на Гуадалканале и Тулаги, продолжавшихся несколько месяцев с переменным успехом, американцам удалось сломить сопротивление японских сил. Потеряв в тяжелых сражениях более 17 тысяч человек, в феврале 1943 года японцы эвакуировали войска с Гуадалканала и американская морская пехота заняла остров. Битва на суше шла одновременно со столкновением крупных морских сил японцев и американцев на море. Японские потери в людях превышали американские. Японцы и американцы потеряли примерно одинаковое число крупных кораблей. У японцев был потоплен авианосец, у американцев — два.
18 апреля 1943 года стало еще одной черной датой в истории Объединенного императорского флота и всей Японии военного времени. В тот день погиб главнокомандующий флотом адмирал Ямамото, совершавший инспекционную поездку по Соломоновым островам. Ямамото направлялся из Рабаула на острове Новая Британия, главной базы японцев в этой части Тихого океана, на военно-воздушную базу Буин на острове Бугенвиль. В секретном официальном донесении это событие получило название «Кайгун ко дзикэн» — «Военно-морской инцидент А», то есть инцидент первой важности. После неудачи на Гуадалканале Ямамото хотел поднять боевой дух войск лично. Несмотря на просьбы окружавших адмирала командиров изменить расписание и перенести поездку на другое время, Ямамото своего решения не изменил, так как всегда отличался пунктуальностью и умением держать слово. На этом и сыграла американская разведка, подготовив операцию под кодовым названием «Мэджик». На перехват двух средних бомбардировщиков и восьми истребителей охраны «Дзэро» вылетела группа из 18 специальных истребителей Р-38 «Lightning» («Молния») компании «Локхид». Самолет Ямамото, как и бомбардировщик с сопровождающими его лицами, был сбит американцами и сгорел в джунглях острова Бугенвиль. На следующий день после происшествия японская поисковая группа нашла разрушенный обгоревший самолет и тело адмирала, которое было пристегнуто ремнем к выброшенному из самолета креслу. Рукой он сжимал самурайский меч. Ямамото был поражен двумя пулями, попавшими в левое плечо и голову. О поездке Ямамото американцы узнали из шифрованного японского донесения. Гибель адмирала была большой утратой для Японии, поэтому правительство не решилось сразу же сообщить японскому народу о смерти Ямамото, опасаясь сильного и удручающего морального воздействия на людей. Прах флотоводца, кремированного в Буине, и его самурайский меч были привезены в столицу Японии на линкоре «Мусаси». Около месяца факт гибели держался в тайне, после чего пришлось проинформировать японцев о несчастье. Похороны адмирала, сопровождавшиеся высшими военными почестями, состоялись в Токио в начале июня.