Усилия, которые предпринимал адмирал, стараясь изменить мнение большей части японского командования и других людей, не собиравшихся умирать, были тщетными. Позорное поражение приближалось, никакого плана сокрушения неприятеля у военных не было, окончательное решение о безоговорочной капитуляции было принято и единственным выходом в этом безнадежном для Ониси положении было самоубийство. В ночь после объявления императором о капитуляции Японии Ониси удалился в свой кабинет, расстелил на середине комнаты белую ткань и около трех часов утра вскрыл себе живот традиционным крестообразным способом — «дзюмондзи». Так как Ониси отказался от услуг кайсяку или «удара милосердия» (удара мечом кого-либо из своих сподвижников, который должен был прекратить мучения самоубийцы), он пытался прекратить мучения, ударив себя мечом в сердце и перерезав сонную артерию. Но это не принесло желаемого результата и Ониси жил еще около двенадцати часов. Когда его нашли в кабинете подчиненные, адмирал отказался от медицинской помощи и от последнего «удара милосердия». Военный хирург, являвшийся свидетелем кончины адмирала, был поражен физической выдержкой Ониси.
После смерти Ониси в его кабинете были найдены два последних письма военачальника.
В одном он выражал благодарность летчикам-камикадзе за их подвиги, просил у душ погибших прощения за то, что не смог довести своих воинов до победы Японии и делал завещание для молодежи страны. В нескольких строчках этого завещания Ониси называл молодых японцев «сокровищем нации» и призывал их в духе камикадзе бороться за процветание Японии и «мир во всем мире». Слова Ониси, потомка самурая, о мире были почти точным повторением высказываний идеологов бусидо послереформенной Японии о якобы мирных стремлениях японской военщины. Нитобэ Инадзо, вспоминая речь морского министра бакуфу Кацу о бескровных победах, писал, что «высшим идеалом рыцарства был мир».
Второе письмо Ониси было адресовано жене. В нем после прощания и распоряжений супруге было помещено хайку (хокку):
Смерть Ониси была мучительной. Неудачи преследовали «отца» камикадзе и после кончины. Не нашлось даже досок достаточной длины, чтобы сделать гроб для адмирала. Гроб был короче тела военачальника сантиметров на тринадцать. Кодама, один из подчиненных адмирала Ониси, так описывал его мрачные похороны: «Командование флота, потерявшее все свое достоинство и присутствие духа в результате поражения, не нашло в себе искренности, дабы предоставить гроб для одного из своих сотоварищей, совершившего харакири от осознания своей ответственности. У них также не хватило великодушия, чтобы предоставить ему катафалк».
Вместе с Ониси не смог смириться с поражением другой командир японских смертников, вице-адмирал Угаки, продолжавший в то время командовать 5-м воздушным флотом базовой авиации и авиацией флота на острове Кюсю. Он не хотел оставаться в живых после тех, кого посылал ранее на смерть и 15 августа 1945 года поднял свои самолеты в воздух для самоубийственной атаки у Окинавы. Угаки считается последним камикадзе, хотя случаев самопожертвования после 15 августа было предостаточно.
Адмирал ослушался решения императора и отправился в смертельный полет со своим штабом вслед за заявлением императора Хирохито о принятии условий Потсдамской декларации. На авиабазе Оита, на северо-востоке Кюсю, для самоубийственной акции Угаки было подготовлено пять бомбардировщиков его ударной группы, но по настоятельной просьбе личного состава 701-го воздушного атакующего отряда 105-го авиационного подразделения количество самолетов было доведено до одиннадцати (3 машины из-за неисправности моторов совершили потом вынужденные посадки). Начальник метеостанции авиабазы Бандо спорол с лацканов мундира Угаки его адмиральские нашивки. Угаки, нарушив приказ, уже не считал себя адмиралом, но продолжал быть верным воином императора, который должен был исполнить воинский долг до конца. После этого он и два десятка добровольцев вылетели с Кюсю в сторону Окинавы на пикирующих бомбардировщиках «Суйсэй».
Подчиненные вылетели со своим командиром в вечность, желая выполнить долг перед империей и императором. Чем закончился этот полет — неизвестно. «Одного меня следует винить в неудачной обороне нашей родины и неспособности уничтожить грозного противника. Усилия же офицеров и людей, находившихся под моей командой, следует оценить исключительно высоко. Я собираюсь атаковать над Окинавой, — там, где упали мои люди, подобно вишневым лепесткам. Здесь я врежусь и уничтожу самонадеянного противника в истинном духе Бусидо, с твердой убежденностью и верой в императорскую Японию… Да здравствует Его Величество император!», — передал по радио Угаки. Последняя запись в его дневнике оканчивалась словами: «Я также решил вечно служить своей стране в духе Кусуноки Масасигэ».