Самым показательным случаем является история младшего лейтенанта Онода Хиро, который в течение почти 30 лет (до 1974 года) скрывался в джунглях филиппинского острова Лубанг, продолжая вместе с тремя своими подчиненными вести «партизанскую войну против американцев». В 1944 году двадцатидвухлетнему Онода его командир майор Танигути отдал приказ остаться в горах острова после отступления японских войск с тем, чтобы вести там диверсионную борьбу против врага. «Мы временно отступаем. Вы остаетесь, чтобы ставить мины и взрывать склады. Я запрещаю вам совершать самоубийство или сдаваться в плен. Может пройти три, четыре или пять лет, но я за вами вернусь. Этот приказ могу отменить только я и никто другой», — сказал Танигути. Шли годы. Один солдат сошел с ума и попал в руки властей. Двое других были убиты в перестрелках с полицейскими патрулями. Онода остался один. Однажды совершенно случайно на него наткнулся японский исследователь-энтомотолог Судзуки Норио, занимавшийся в джунглях ловлей насекомых. Судзуки рассказал Онода, что война давно уже закончилась и страны Тихого океана живут в мире. Онода не поверил соотечественнику и заявил, что только его командир может отменить приказ о ведении боевых действий. Вернувшись в Японию, Судзуки приложил все силы для того, чтобы найти майора. Используя материалы военных архивов, он с большим трудом разыскал Танигути, и они вместе прибыли в джунгли Филиппин. Танигути, одетый в военную форму, приказал Онода прекратить боевые действия и сдаться местным властям. В Японии милитаристски настроенными деятелями Онода был объявлен «истинным носителем японского духа и традиций», «преданным императору и стране офицером», олицетворением всех «добродетелей» былых лет.
Сообщения о скрывающихся после окончания войны на Филиппинах солдатах императорской армии, поступают в Японию даже в наши дни. В мае 2005 года в прессе появились известия о двух японских военнослужащих 30-й дивизии (Ямакава Ёсио и Накаути Цудзуки) якобы до сих пор прячущихся в джунглях острова Минданао. Скорее всего, эта информация маловероятна, так как обоим солдатам сейчас должно быть уже далеко за 80 лет.
Особым содержанием идеологии Синто наполнялось понятие священности войн, проводившихся под знаменами императорской армии. Как уже отмечалось, первые же солдаты, погибшие за государя во время переворота Мэйдзи, объявлялись божествами. Расчет был верным. Человек, захваченный религиозной идеей, знающий, что он после смерти превратится в бога, умирает легче. И эта практика расширялась по мере роста японской экспансии в Восточной Азии. Все большее число воинов, отдавших жизнь во имя «процветания Японии» и за священную императорскую особу, причислялись к сонму богов, и души их якобы поселялись в храме Ясукуни. При этом моральный облик и образ жизни, который люди вели до начала службы в императорской армии, не имели никакого значения. В газетах Японии 1930-х годов по этому поводу писалось следующее: «Каким бы преступником и негодяем ни был японский подданный, становясь под боевые знамена, он освобождается от всех грехов. Япония воюет во имя императора, и ее войны — святые войны. Те, кто погиб в них со словами “да здравствует император”, были ли они хорошими или плохими людьми, тем самым становятся богами». На практике такая мораль снимала с солдат всякую ответственность за содеянное и способствовала оправданию военных преступлений.
Укрепление позиций государственного Синто, сопровождавшееся финансовой поддержкой государства, обусловило поспешное признание возвысившейся религии буддийским духовенством в качестве главенствующей в стране. Антиподом Синто не стало и христианство в форме католицизма, искоренявшееся в феодальной Японии и вновь распространившееся среди части населения с падением власти военного правительства. В 1859 году католицизм возобновил свою деятельность. В 1873 году антихристианские эдикты сёгуната Токугава новым правительством Мэйдзи были отменены. В 1904 году в Японию официально прибыли доминиканцы, а в 1907 — вновь иезуиты.
После «открытия» Японии на островах начали активизироваться протестантские миссии. Сначала прибыли американские, а затем и английские протестанты. В начале XX века в Японии было около 1000 протестантских миссий.