Несмотря на военные успехи на юге, уже в конце 1940 — начале 1941 года стало очевидным, что Японии придется вести нелегкую борьбу с европейскими державами, противостоящими в войне Германии. В ближайшем будущем, по активно разрабатываемым планам, предстояла война с Америкой. Перспектива сражаться в Азии одной на несколько фронтов Японию не устраивала. Такого напряжения сил, даже будучи «божественным» народом, японцы могли не выдержать. Поэтому Япония решила вступить в нейтральные отношения с Советским Союзом. 13 апреля 1941 года между Японией и СССР был подписан Советско-японский пакт о нейтралитете (Ниссо тюрицу дзёяку). С советской стороны договор подписал министр иностранных дел СССР В.М. Молотов, с японской — министр иностранных дел Японии Мацуока Ёсукэ и посол Такэкава Ёсицугу. В свете ожидаемого нападения на Советский Союз со стороны Германии, в целях стабилизации обстановки в Дальневосточном регионе и предотвращения войны с Японией этот договор устраивал и СССР. Ведение войны на европейском и дальневосточном фронтах одновременно Советскому Союзу ничего хорошего не сулило.
Советское правительство не доверяло дальневосточному соседу и продолжало держать на Дальнем Востоке значительные силы даже после начала войны с Германией. Вопреки пакту о нейтралитете, концентрация войск Японии на границе с Советским Союзом превышала допустимые нормы, а постоянная боевая готовность японских соединений в Маньчжурии, на Хоккайдо, Южном (Сахалине и Курильских островах представляла большую опасность для Приморья, Северного Сахалина и Камчатки. К тому же нейтралитет со стороны Японии был странным. Помогая фашистской Германии, японцы закрыли Советскому Союзу выход в Тихий океан, чтобы не допустить получения военной помощи со стороны союзников по антигитлеровской коалиции. Всякие попытки советских транспортных судов выйти за пределы Охотского или Японского морей заканчивались их задержанием или уничтожением японским военно-морским флотом и морской авиацией.
В ноябре 1967 года во Владивостоке был открыт памятник морякам торгового флота Дальневосточного морского пароходства, погибшим в годы Второй мировой войны. На мемориальных плитах указаны наименования 22 потопленных (в Атлантике, в северных морях, на Дальнем Востоке) и 3 подвергшихся нападению советских транспортов (2 из них («Свирьстрой» и «С. Лазо») были обстреляны в порту Гонконга в декабре 1941 года), а также фамилии убитых членов экипажей, не вернувшихся в родной порт. На Дальнем Востоке советские суда были потоплены в основном японцами. В период с 1941 по 1944 годы они задержали 178 советских судов и потопили 11 транспортов (по другим данным, 18 торговых и рыболовных судов). Мемориал содержит следующие сведения: 14 декабря 1941 года японской артиллерией было обстреляно и потоплено судно «Кречет», 18 декабря 1941 года японскими бомбардировщиками был атакован и потоплен безоружный пароход «Перекоп», 21 декабря (по другим сведениям, 20 декабря) на танкер «Майкоп» напала подводная лодка японцев, а затем на него же совершили налет японские бомбардировщики, в результате чего он затонул, I мая 1942 года в Восточно-Китайском море двумя торпедами был уничтожен пароход «Ангарстрой», в феврале 1943 года торпедировано судно «Кола». Ряд гражданских судов подорвался на донных японских минах и был потоплен «неизвестными» подлодками. По сути, это была необъявленная, но фактически проводившаяся по отношению к Советскому Союзу, война. Как показывает история, Япония для начала военных действий и для вторжения на чью-либо территорию использовала любой, даже самый незначительный повод.
Захватническая внешняя политика требовала соответствующей идеологической поддержки. Как и прежде, использовался старый лозунг «Азия — для азиатов», подразумевавший изгнание колонизаторов и создание «великой восточно-азиатской сферы взаимного процветания» под эгидой Японии. Японское руководство надеялось использовать ненависть колониальных народов против белых колонизаторов в своих интересах, не учитывая, что замена одного колониального гнета другим для этих народов ничего не меняла. Установление жестокого оккупационного режима на захваченных территориях впоследствии подняло азиатов на освободительную борьбу против захватчиков.