Руководству Азербайджанской ССР во главе с первым секретарём ЦК КП Азербайджанской ССР Абдул-Рахманом Везировым после многочисленных требований и огромных усилий удалось добиться роспуска КОУ. 28 ноября 1989 года Верховный Совет СССР принял постановление об упразднении Комитета особого управления Нагорно-Карабахской автономной областью и о создании Республиканского оргкомитета по НКАО. Указом президиума Верховного Совета Азербайджанской ССР от 6 декабря 1989 г. был сформирован Республиканский оргкомитет по НКАО Азербайджанской ССР. В состав Республиканского оргкомитета по НКАО Азербайджанской ССР вошли: Асадов Р. И. (заведующий отделом Совета министров Азербайджанской ССР), Велимамедов С. М. (заместитель заведующего отделом ЦК КП Азербайджана), Голубев А. М. (второй секретарь Бакинского горкома партии), Джафаров В. А. (заместитель председателя Госкомитета Азербайджанской ССР по печати), Керимов Ш. К. (заместитель заведующего управления делами Совета министров Азербайджанской ССР), Оруджев З. Д. (секретарь Азербайджанского совета профессиональных союзов), Поляничко В. П. (второй секретарь ЦК КП Азербайджана), Радаев М. И. (заместитель председателя Совета министров Азербайджанской ССР). Оперативное руководство оргкомитетом было поручено второму секретарю ЦК КП Азербайджана – В. Поляничко. В ликвидации КОУ и создании вместо него Республиканского оргкомитета надо отметить заслугу первого секретаря ЦК КП Азербайджана – А. Везирова. Он сыграл особую роль в выдавливании из НКАО ставленника союзного руководства А. Вольского, потакавшего армянам и пользовавшегося поддержкой М. Горбачёва. Созданием Республиканского оргкомитета НКАО возвращалась под управление Азербайджанской ССР.
Руководство Армянской ССР открыто встало на путь провоцирования конфликта. На совместном заседании, состоявшемся 1 декабря 1989 г., Верховный Совет Армянской ССР и Национальный совет Нагорного Карабаха приняли решение «О воссоединении Армянской ССР и Нагорного Карабаха». Решение было принято вопреки союзным законам: законодательство не предусматривало существование такого органа, как Национальный совет Нагорного Карабаха. Правоведы единогласно отмечали грубейшее нарушение статьи 78 Конституции СССР: границы союзной республики не могли быть изменены без её согласия. В своём решение от 10 января 1990 г. Президиум Верховного Совета СССР признал данное постановление Верховного Совета Армянской ССР не соответствующим Конституции СССР.
9 января 1990 г. армянское население Степанакерта (ныне Ханкенди) при попустительстве и поддержке местной милиции не пропустило членов Республиканского оргкомитета в город. В течение 13–15 января в Баку произошли массовые беспорядки, в ходе которых погибло 56 человек, большая часть из которых были армянами. Примечательно, что расквартированные в Баку подразделения Внутренних войск МВД СССР и Советской армии, несмотря на неоднократные обращения республиканского руководства, никаких мер по пресечению беспорядков не принимали.
В ночь с 19 на 20 января 1990 года решением президиума Верховного Совета СССР вводится чрезвычайное положение, в Баку вступают части Внутренних войск МВД СССР и Советской армии. Ввод войск сопровождался крайней жестокостью: стреляли по общественному транспорту, каретам скорой помощи, случайным прохожим и любопытствующим, выглядывающим из окон жилых домов. В ходе ввода войск был убит 131 человек. 25 января на пленуме ЦК КП Азербайджана А. Везиров был освобождён от должности первого секретаря ЦК, вместо него руководителем республики стал Аяз Муталибов.
27 января члены Республиканского оргкомитета прибыли в Ханкенди и приступили к работе. Основной задачей оргкомитета стало восстановление юрисдикции Баку над автономной областью, оживление разрушенных связей с республиканскими органами управления, принятие неотложных мер по обеспечению безопасности населённых пунктов компактного проживания азербайджанцев, повышение эффективности мероприятий в рамках режима чрезвычайного положения, разоружение незаконных вооружённых формирований, переместившихся в область из Армении и создавших на новых местах свои базы дислокации.