Своеобразие дела, его запутанность и противоречивость, очевидные идеологические наслоения, а также огромный объем и специфичность собранных материалов требовали высокопрофессионального анализа и оценки. Узость установленных политиками рамок, за которые военным прокурорам было трудно выйти без помощи авторитетных ученых, специализирующихся в области советско-польских отношений, международного права и судебной медицины, а также необходимость дачи неконъюнктурной и объективной оценки катынскому преступлению привели меня к необходимости назначения и проведения комплексной экспертизы, на заключение которой можно было бы опереться при вынесении окончательного решения по делу. Выбор знакомых с проблемой специалистов был весьма невелик. Общение с ними его еще более сузило: одни предпочли уйти от ответственности, другие не подошли по квалификационно-профессиональным или личностным критериям. В состав комиссии экспертов вошли: директор Института государства и права Российской академии наук академик Б.Н. Топорнин; заведующий сектором уголовного права и криминологии Института государства и права Российской академии наук (затем представитель Президента РФ в Государственной думе), доктор юридических наук, профессор А.М. Яковлев; главный научный сотрудник Института сравнительной политологии Российской академии наук, доктор исторических наук, профессор И.С. Яжборовская; ведущий научный сотрудник Института славяноведения и балканистики Российской академии наук, доктор исторических наук В.С. Парсаданова; доцент кафедры спецдисциплин Военной академии Советской Армии, кандидат военных наук Ю.Н. Зоря; начальник отдела судебно-медицинской экспертизы Центральной судебно-медицинской лаборатории МО РФ, полковник медицинской службы, кандидат медицинских наук Л.В. Беляев.
Первой задачей, поставленной перед экспертами, был анализ предшествовавших экспертиз, их сравнение на научной основе и выявление причины, почему они подводили к противоречивым, зачастую противоположным выводам. Необходима была тщательная проверка их доказательной стороны и различных интерпретаций, верификация на базе новых документов и других собранных в ходе следствия доказательств и установление истинных событий, обстоятельств, причин и мотивов происшедшего. Прежде всего, следовало освободиться от различных идеологических наслоений и мистификаций, весьма отягчавшихся тем, что выводы, как правило, строились на шаткой эмпирической основе более или менее частичных эксгумаций и несовершенных методов анализа и не позволяли сделать окончательный вывод о масштабах преступления, полной локализации и датировке всех захоронений. Это облегчало спекуляции вокруг вопроса о виновниках преступлений, фальсификацию дела, мифологизацию обстоятельств, причин и мотивов преступления.
Для выяснения истины требовалось провести тщательную проверку качества всех экспертиз. Это позволило по-новому взглянуть на опубликованный 10 июня 1943 г. в Германии „Официальный материал по делу массового убийства в Катыни“, в котором делался вывод, что обнаруженные в катынских захоронениях польские военнопленные расстреляны органами НКВД СССР в 1940 г.