Служилые закреплялись в Прибайкалье и Забайкалье – были основаны Балаганский, Телембинский, Селенгинский, Удинский остроги. Буряты и тунгусы приветствовали строительство, помогали, поскольку и для них крепости обеспечивали защиту от вылазок маньчжуров. А отряд Степанова поставил на Амуре Кумарский острог. Китайский император направил сюда еще одну армию. Но казаки вместе с подоспевшими на помощь ратниками Бекетова приняли бой. Храбро отбивались в Кумарском остроге, и неприятельское войско было разбито, покатилось прочь «к немалой чести казаков». После этой победы приамурские племена стали склоняться «под государеву руку». И тогда в Пекине было принято решение лишить русских продовольственной базы и потенциальных данников. Маньчжуры устроили массовую депортацию дауров и дючеров, переселяя их на Сунгари. А казаков стеснили военными отрядами, не прекращались бои.
В 1658 г. Степанов докладывал в Якутск: «Поне все в войске оголодали и оскудали, питаяся травою и корением… а сойти с великия реки без государева указу не смеем никуда. А богодойские (т. е. китайские) воинские люди над нами стоят близко и нам против их… стоять и дратца стало нечем, пороху и свинцу нет нисколько». Просил помощи, но она опоздала. Степанов и почти все его соратники погибли. Но очистить от русских Амур китайцам так и не удалось. Албазин устоял, отбив все атаки. А на смену погибшим служилым шли другие, партию из 600 казаков и переселенцев повел из Енисейска в Приамурье атаман Афанасий Пашков
… И результат депортации дауров и дючеров стал для Китая очень далеким от ожидаемого. Земель, пригодных для пашни, в Сибири было мало, они очень ценились, тем более что русским дозволялось селиться только «на порозжих местах». А места в Забайкалье и Приамурье освободились! Сюда пошло интенсивное переселение – и Даурия, оставшаяся без дауров, стала казачьей Даурией.Продолжались исследовательские экспедиции и в других направлениях. В 1651 г. Иван Баранов
с группой «охочих людей» прошел с Колымы на Гижигу, к Охотскому морю. Примерно в это же время Василий Власьев и Кирилл Колкин предприняли плавание на Чукотку, установили контакты с «чухоцкими мужиками». Сотник Курбат Иванов , сменивший в Анадырском крае Дежнева, тоже построил кочи и ходил морем на Чукотку. Открыл залив Креста, бухту Провидения. Десятник Иван Меркурьев Рубец совершил поход на Камчатку. Потом туда же отправился енисейский казак Иван Камчатый . Открыл реку, названную его именем. На обратном пути Камчатый был убит юкагирами, но название реки «Камчатка» впоследствии перенеслось на весь полуостров. В 1680-х иезуит Авриль, беседуя в Москве с окольничим Мусиным-Пушкиным, вытянул из него информацию об Америке и ее жителях. Стало быть, казаки уже и туда забирались…Сибирь обживалась. Русские и коренные жители привыкали друг к другу, при городах возникали национальные слободы. Впрочем, сибирское казачество само было смешанным. Русских женщин тут было очень мало. И казаки женились на местных уроженках после их крещения. В Западной Сибири предпочитали брать в жены татарок, в Восточной – якуток или буряток. Эти народы были ближе русским по быту, и жены могли вести хозяйство казака, да еще и мужа поучить особенностям сибирского скотоводства, огородничества, земледелия. Но крещение местных жителей было обязательным только при заключении браков с русскими. Царское правительство проявляло очень высокую веротерпимость, на смене религии не настаивало. Пропаганда христианства являлась только делом Церкви. Однако, по тогдашним понятиям, переход в христианскую веру вел и к изменению статуса. «Ясачный», согласившийся принять крещение, становился «русским» и переставал платить ясак. Но и крестьянских податей вносить не мог. И воеводам предписывалось вербовать таких людей на службу, они тоже становились казаками. А в Забайкалье в связи с маньчжурской угрозой и условие крещения не соблюдалось. Здесь в службу принимали бурят-буддистов, тунгусовязычников. И, например, к Нерчинскому острогу было приписано 800 конных тунгусов.
А казачья община в Албазине сохраняла независимость 19 лет. Царских властей не признавала, принимала беглых, объясачивала в свою пользу местных. Пахала землю, разводила скот. Торговала, покупая боеприпасы. И удары китайцев отражала. Но становилось ясно, что рано или поздно враги ее сомнут. Поэтому в 1674 г. албазинцы били челом государю, «вины свои принесли». Что ж, царь их простил. Послал в знак милости икону Знамения Пресвятой Богородицы. И принял казаков на службу. Они стали гарнизоном того же Албазина. Отношения с Китаем Москва пыталась урегулировать мирным путем. В Пекин были направлены посольства Байкова, потом Спафария. Но ничего достичь не удалось. Император Канси был настроен непримиримо. Он сумел подавить последние очаги антиманьчжурского сопротивления в Южном Китае и решил всерьез заняться северными делами.