Там, где малолюдство и природные условия не позволяли строить сплошные засечные черты (и где не грозили такие массированные вторжения, как со стороны Крыма), возводились оборонительные системы другого рода – «линии». То есть цепочки крепостей. Для степной конницы даже небольшие крепости были серьезным препятствием, штурмовать их значило завязнуть в бою, потерять внезапность, а оставить в тылу – грозило ударом в спину.
Оборонительные сооружения затруднили набеги калмыков. Они предприняли поход на Терек, пограбили местных жителей и казаков, но тоже были отбиты. И рассудили, что выгоднее сотрудничать с Россией. Четверо тайшей обратились к царю с просьбой о подданстве – чтобы им платили жалование, а они будут воевать на стороне русских. Но альянс оставался очень ненадежным. Калмыки жили отдельными родами, присяга одних не распространялась на других. Впрочем, и те, кто присягнул к царю, не упускали возможности при случае пограбить русских. Казаки отвечали вполне адекватно. Калмыки жаловались. Когда Москва стала склонять в подданство хана Аюку, он предъявил претензии, что «донские и яицкие казаки побивают его людей, а жен и детей забирают». Направлялись делегации «мирить» казаков с калмыками. Но степняки не прекращали хищничество, и все договоренности оставались лишь благими пожеланиями. А пример калмыков оказался заразительным для башкир. Зачем платить ясак, если можно не платить и грабить, как соседи? Они активно подключились к набегам. А потом восстали под предводительством вождя Сеита, принялись разорять русские и татарские селения, подступали к Уфе и Казани, вместе с калмыками и ногайцами прорывались за Волгу.
Царю приходилось усиливать оборону на востоке и юго-востоке. В 1663 г. на это направление перевели часть украинских казаков из-под Воронежа, из Троицкого острога. Они построили крепость Пензу и Черкасский острог.
А в Яицком Войске в 1675 г. был введен реестр в 500 казаков, им платилось жалованье по 7 руб. в год, и они, по сути, перешли на положение служилых. По Яику сооружалась линия острожков и постов, где они несли службу. Подобные меры давали хорошие результаты. В 1680 г. калмыцкий Аюка-хан заключил союз с крымцами, усилился отрядами татар, черкесов, башкир и напал на Пензу. Сжег посады, разорил окрестности, но крепость отбилась, и враги ушли прочь.