Во главе вечевой республики был архиепископ. Совет господ состоял из бояр и выборных посадников. Важнейшие решения совета должны были утверждаться собранием новгородцев (вече). На севере в Новгородскую республику входил Кольский полуостров. На востоке ее территория простиралась до Урала. Но военные силы Новгорода были значительно меньше московских. Одни новгородцы уповали на помощь Литвы, другие – пригласили сына киевского князя Михаила Омельковича, который был двоюродным братом Ивана III. Князя пригласил архиепископ Иона. Но он скончался еще до приезда Михаила. Активизировалась пролитовская партия Борецких. Она добивалась, чтобы вакансию архиепископа занял ключник – Пимен. Он их устраивал, потому что был готов пойти на разрыв с московской митрополией и подчиняться митрополиту-униату Григорию, который сидел в Киеве. На вече рассматривались еще две кандидатуры на пост архиепископа. Жребий выпал на противника унии протодьякона Феофила. Пролитовская партия потерпела поражение. Феофил собирался в Москву к митрополиту «на поставление».
Иван III пошел походом на Новгород, мотивируя это тем, что Новгород из старины был «отчиной» владимирских князей. Вече высказалось за то, чтобы попросить помощи у польского короля Казимира. Но архиепископ и сторонники Москвы этому помешали.
Князь Михаил покинул Новгород, хорошо пограбив на обратном пути Старую Руссу. Партия Борецких установила контакт с Литвой. Был составлен договор, по которому новгородцы признавали власть короля и готовы были принять его наместника. Казимир пытался спровоцировать набег Орды на Русь. Но все эти планы расстроили быстрые действия московских отрядов. Они двигались к Новгороду разными путями. Десятитысячное войско под водительством воеводы князя Холмского отправилось вдоль Ловати к Руссе. Там близко была литовская граница. Иван III с двором и тверскими отрядами двигался следом, но на большом удалении. Воинство разоряло землю, брало пленных, резало им носы, уши и губы, нагоняя на всех ужас.
Защищало Новгород ополчение горожан, мало сведущих в военном деле. Новгородская рать старалась не допустить соединения московских войск с псковскими. Они ждали помощи из Литвы. Новгородские ратники встретились с московским войском на реке Шелонь. Новгородцы были жестоко разгромлены. Из них погибло двенадцать тысяч, а две тысячи попали в плен. Посадник Дмитрий Борецкий и другие бояре были обезглавлены. Остальных пленных посадников «Василья Казимера и его товарищов 50 лутчих отобрав повела (Иван III) вести к Москве и от толе к Коломне и в тюрьму всадити».
С Новгородом был заключен договор, по которому он признавал власть Ивана III. Новгородцев привели к присяге на верность Ивану III. Вечевой строй Новгорода сохранился. Через некоторое время бояре Неревского конца города, которые были настроены пролитовски, использовали настроение населения, чтобы расправиться с жителями Славенского конца города. Они устроили грабеж. Иван III с внушительной военной силой прибыл в Новгород. Пришлось упразднить особый новгородский суд. Он был заменен великокняжеским.
В Новгороде продолжало действовать вече. Многие требования Москвы бойкотировались. 9 сентября 1477 года Иван III выступил с войском на Новгород. Тверские отряды присоединились в пути. Псков помогал москвичам продовольствием. Новгород был окружен со всех сторон.
Те, кто остался защищать город, не сумели организовать его эффективную оборону. Псковский летописец об этом писал так: «Людям, мятущимся в осаде в городе, иные хотящи битися с великим князем, а иные за великого князя хотяще задати, а тех болши, котори задатися хотят за князя великого».
Архиепископ Новгорода Феофил был сторонником переговоров с Иваном III. Он возглавил новгородских парламентариев, которые явились к Ивану III на берегу Ильмень-озера. Новгородцы надеялись заключить мир с великим московским князем на прежних условиях. Иван III принял послов с почетом, даже дал пир в их честь. Но он отклонил все их условия мира. Свою программу Иван III сформулировал так: «Мы, великий князь, хотим государства своего, как ест мы на Москве, так хотим быть на отчине своей Великом Новгороде». Это означало следующие перемены: «Вечю колоколу в отчине нашей в Новгороде не быти, посаднику не быти, а государство нам свое держати». Новгородцы такого не ожидали. В городе возникли «многие брони», «всташе чернь на бояр и бояри на чернь». Простой народ отказался повиноваться боярам. В летописи сказано, что «мнози бо вельможи и бояре перевет имеаху князю великому».
Новгородские посадники вступили в контакт с московскими боярами. Те их успокоили, что Иван III не будет конфисковывать их земли, а самих посадских не будет высылать из Новгорода. Но посадские требовали гарантий. Они желали, чтобы Иван III принес клятву на кресте, что все будет именно так. Но Ивана III это оскорбило, и он отказал в их просьбе.