23 октября 1942 года полковник Макарьев направлен командовать 387-й стрелковой дивизией 1-й резервной армии. Полковник П. К. Кулижский, успешно командовавший дивизией с мая 1942 года, был назначен в штаб Юго-Западного фронта. В ноябре дивизия Макарьева ускоренно была направлена под Сталинград, в 13-й гвардейский стрелковый корпус 2-й гвардейской армии. Она прошла 300 километров за 10 дней форсированным маршем и с ходу вступила в бой. Здесь 387-я дивизия в упорной обороне встала на острие удара Манштейна, не пропустив гитлеровцев к окруженной группировке Паулюса. В ожесточенных боях комдив был контужен, но не оставил командование. За успешные действия и личную храбрость полковник Макарьев получил орден Красной Звезды и медаль «За оборону Сталинграда». Затем соединение Макарьева перешло в наступление и участвовало в боях на Ростовском направлении. 13 февраля 1943 года 387-я стрелковая дивизия освободила Новочеркасск. 31 марта 1943 года Указом Президиума Верховного Совета СССР командир 387-й стрелковой дивизии полковник Макарьев за проведенный марш, разгром противника и прорыв германской обороны был награжден орденом Кутузова 2-й степени. Тяжелые бои на Миус-фронте в составе 2-й гвардейской, а позже 28-й и 44-й армий не привели к успеху. 29 июня 1943 года полковник Макарьев снят с командования дивизией. В командование вступил заместитель комдива М. Г. Крымов.
23 апреля 1944 года Приказом Военного Совета 1-го Прибалтийского фронта № 313 полковник Макарьев как бывший командир 33-й стрелковой дивизии награждается орденом Красного Знамени за бои под Холмом в 1942 году. Наградной лист, подписанный еще 12 апреля 1942 года генералом Пуркаевым, был утвержден начальником штаба 1-го Прибалтийского фронта генерал-лейтенантом Кураевым. Кстати, и 33-я дивизия удостоилась почетного наименования «Холмская» лишь после освобождения города в феврале 1944 года.
23 июня 1944 года полковник Макарьев вновь назначен командиром соединения. На этот раз он возглавил 29-ю стрелковую дивизию (3-го формирования), находящуюся в Резерве Ставки ВГК. Бывший командир, полковник Я. Л. Штейман, ушел на должность заместителя командира корпуса. Соединение под командованием Макарьева вошло в состав 103-го стрелкового корпуса 6-й гвардейской армии 1-го Прибалтийского фронта и сразу вступило в бой с врагом на Новосокольническом направлении. 29-я дивизия прорвала оборонительную линию «Восточного Вала», на которой велись бои с лета 1943 года, и стала продвигаться вперед, освобождая города Прибалтики. Войска полковника Макарьева 4 июля 1944 года участвовали в освобождении Полоцка, успешно продвинулись на Двинск, в упорных боях 29 июля освободили Илуксте, а 9 августа – Екабпилс. Именно под командованием Александра Константиновича 29-я дивизия получила почетное именование «Полоцкая» и была награждена орденом Суворова 2-й степени. 4 июля 1944 года его имя впервые было упомянуто в приказе Верховного Главнокомандующего: приказом № 129 за освобождение Полоцка войскам Макарьева была объявлена благодарность и в честь них прогремели салютные залпы. Уже через три недели, 27 июля, приказом № 153 Сталин вновь отмечал 29-ю дивизию за освобождение Двинска.
13 сентября 1944 года 43-летний полковник, прошедший всю войну на генеральских должностях, наконец-то получил звание генерал-майора. 19 сентября 1944 года Указом Президиума Верховного Совета СССР командир 29-й стрелковой дивизии полковник Макарьев был награжден орденом Суворова 2-й степени. Представление на орден было выписано еще 10 июля, после освобождения Полоцка, но лишь после третьей подачи комдив был удостоен этой значимой награды.
В октябре 1944 года 29-я стрелковая дивизия вела упорные бои на Шяуляйском и Мемельском направлениях. 8 октября войска генерал-майора Макарьева вновь отмечены в приказе Верховного Главнокомандующего № 193 за освобождение Шяуляя.
В ноябре дивизия была передана в 22-й гвардейский корпус, а 4 декабря 1944 года генерал-майор Макарьев переведен на другую должность.