Лежа на койке, обессиленный недугом, полуслепой, Колумб продолжал обдумывать значение своих новых открытий. Из письма, которое он несколько недель составлял для Фердинанда и Изабеллы, можно видеть, как замечательные догадки смешивались в его уме с болезненной и религиозной фантастикой.
Пресная вода в заливе Парии доказывала существование впадающей в залив великой реки, которая могла образоваться только на очень обширной земле, т. е. на материке: "Я убежден, что эти земли величайших размеров и что на юге есть еще много иных земель, о которых нет никаких сведений". Но что это был за материк? И тут с совершенно верным выводом переплетался бред. В официальном письме-отчете, адресованном "католическим королям", Колумб утверждал, что "места эти наиболее высокие в мире и наиболее близкие к небу" и что здесь именно лежит земной рай: "оттуда, вероятно, исходят воды, которые... текут в места, где я нахожусь".
Но среди длинных бредовых рассуждений и ссылок на авторитеты древних авторов и "отцов" церкви, снова проскальзывает трезвая фраза: "если река эта не вытекает из земного рая, то я утверждаю, что она исходит из обширной земли, расположенной на юге и оставшейся до сих пор никому неизвестной...", т. е. течет по неизвестному южному материку.
20 августа 1498 г. показался южный берег Эспаньолы. Адмирал застал там полный развал. "Благородные" идальго отказались повиноваться Варфоломею Колумбу. Они для потехи превращали несчастных индейцев в мишени для стрел, изнуряли своих новых "подданных" работой на плантациях, жили с захваченными ими насильно индианками "в наглом многобрачии", как выражается один испанский историк.
Мятеж закончился унизительным соглашением для Колумба, получившего в это время дурные вести из Испании. Мятежникам была гарантирована уплата жалованья за все время восстания. Каждому мятежнику отводился большой участок земли, к которому для обработки прикреплялось определенное число индейцев. Так Колумб санкционировал широкое распространение той, характерной для начального периода испанской колонизации системы закрепощения индейцев, которая получила название репартимьенто (буквально - распределение, раздел). За побег, по усмотрению владельца, полагалась смертная казнь или обращение в рабство.
Королевская казна продолжала получать ничтожные доходы от "Западной Индии". А в это время португалец Васко да Гама обогнул с юга Африку, открыл путь в подлинную Индию, завязал с ней торговлю и вернулся на родину с богатым грузом (1499). Он действительно видел густо населенную страну высокой культуры, большие города со зданиями чудесной архитектуры, оживленные порты, прекрасно возделанные поля и сады.
Земли, открытые Колумбом, - теперь это было уже вполне очевидно, - не имели ничего общего с богатой Индией. Сам Колумб казался болтуном и обманщиком. Возможно, что и "католические короли" расценивали как неискусный обман его сообщения об открытых им подступах к земному раю. На Колумба посыпались новые доносы и самыми опасными из них были обвинения в утайке королевских доходов. Из Эспаньолы поступили сведения о мятежах и казнях. Испанские дворяне, вернувшиеся ни с чем на родину из колумбовой "Индии", всенародно обвиняли адмирала, открывшего "страну обмана и несчастий, кладбище кастильских дворян".
Испанское правительство прежде всего (к 1499 г.) отменило монополию Колумба на открытие новых земель, чем немедленно воспользовались некоторые из его прежних спутников, ставшие его соперниками. А в 1500 г. на Эспаньолу был отправлен - с неопределенными, но, повидимому, неограниченными полномочиями - Франсиско Бовадилья. Колумб должен был сдать ему все крепости, корабли, лошадей, оружие и запасы. Бовадилья действовал очень решительно. Он поселился в доме Колумба, завладел его вещами и документами. Из денег, найденных у Колумба, он выплатил всем колонистам задержанное жалованье, что, конечно, еще больше расположило колонистов в его пользу. Он арестовал адмирала, его братьев, Варфоломея и Диего, и заковал их в кандалы.
После двухмесячного следствия Бовадилья пришел к заключению, что Колумб был человек "жестокосердный и неспособный управлять страной", и отправил его вместе с братьями в кандалах в Испанию.
В октябре 1500 г. корабль с тремя братьями, закованными в кандалы, вошел в гавань Кадиса.