Микоян вспоминал: «Прибыв в Новочеркасск и выяснив обстановку, я понял, что претензии рабочих были вполне справедливы и недовольство оправдано». Микоян уверял, что пока он «ходил говорить с забастовщиками и выступал по радио», Козлов «названивал в Москву и сеял панику, требуя разрешения на применение оружия». Так это было или просто Микоян старался всю вину за последовавшие события возложить на ненавидимого им соперника, неизвестно. Однако Микоян признавал, что именно Хрущев дал санкцию применить оружие против забастовщиков, правда оговорив словами: «в случае крайней необходимости». О том, что Хрущев не исключал такой «необходимости», следует из его распоряжения направить командующего Северо-Кавказским военным округом генерала И. Плиева в Новочеркасск уже вечером 1 июня. Объясняя действия Хрущева, Микоян писал: «Почему Хрущев разрешил применить оружие? Он был крайне напуган тем, что, как сообщил КГБ, забастовщики послали своих людей в соседние промышленные центры».
Тем временем 2 июня, в 8 утра, начался марш рабочих через Новочеркасск. К маршу присоединились женщины и дети. Во главе колонны несли портреты Ленина, Маркса, Энгельса. Чтобы достичь центра города, рабочим надо было пересечь реку. Танки преградили им путь. Некоторые переходили реку вброд, другие перебирались через танки. Солдаты не предпринимали попыток остановить людей. Около десяти тысяч человек вышли на площадь Ленина. Оказавшись там, часть демонстрантов ворвалась в здание горкома партии. Выйдя на балкон горкома они стали призывать собравшихся идти к отделениям милиции, чтобы освобождать арестованных накануне рабочих. Раздались выстрелы в воздух. Толпа отказалась разойтись. Снова раздались выстрелы. Неизвестно, кто отдал приказ стрелять на поражение. Есть версия, что стрельба началась случайно. 23 человека были убиты (главным образом в возрасте от 18 до 23 лет), 87 было ранено, из них трое скончались от ран.
На следующий день на площадь Ленина собралось 500 человек. По громкоговорителям передавали запись выступления Микояна, которое он произнес накануне. Во второй половине дня по радио выступил Козлов, который пообещал улучшить условия. Тем временем 116 участников выступления были арестованы. 14 из них были осуждены. 7 из них были приговорены к смертной казни. Другие получили от 10 до 15 лет тюрьмы.
События в Новочеркасске не были уникальными в годы правления Хрущева. В своей работе «Массовые беспорядки в СССР при Хрущеве и Брежневе» историк В.А. Козлов подробно описал столкновения с властями, которые произошли в Грозном (август 1958 г.), в Темир-Тау на строительстве Карагандинского металлургического завода (август 1959 г.), в Краснодаре (январь 1961 г.), в Бийске (июль 1961 г.), в Муроме и Александрове (июль 1961 г.) и других местах. Причины этих выступлений были разные: отчаянно плохие бытовые условия, как в Темир-Тау, межэтнические конфликты, как в Грозном, столкновения с милицией по поводу задержания людей и т. д. Нередко эти столкновения сопровождались захватом зданий местных органов власти, применением милицией огнестрельного оружия и жертвами. Но нигде до сих пор выступления не носили столь бурного характера, нигде расправа с демонстрантами не была столь кровавой, нигде не выносились столь суровые приговоры участникам выступлений. Расстрел демонстрации рабочих в Новочеркасске наносил сильный удар по репутации Хрущева. Впервые руководство правящей партии, которое в соответствии с канонами официальной идеологии должно было выражать интересы рабочего класса, так жестоко разгромило выступление рабочих.
Репрессии, которым подвергались в советское время различные слои населения, в наименьшей степени задевали представителей рабочего класса. Даже когда в 1923 году на заводах и фабриках страны прокатились забастовки, их никто не подавлял с помощью оружия. С детства советским людям внушали, что рабочие демонстрации разгоняли и расстреливали лишь в царское время. Протест рабочих в Новочеркасске из-за цен на мясо и их расстрел воскрешал в исторической памяти хрестоматийные истории про восстание на броненосце «Потемкине» 1905 года и Ленский расстрел 1912 года полувековой давности. В тех случаях поводами для выступлений явилось негодное к употреблению мясо. На протяжении всей советской истории сообщения о разгоне демонстраций рабочих, отстаивавших свои права в капиталистических странах, даже если они не сопровождались расстрелами, неизменно сопровождались возмущенными комментариями. Первые разгоны и расстрелы демонстраций и забастовок рабочих произошли лишь после 1953 года в ГДР, Польше и Венгрии. Однако в тех случаях советская пропаганда объясняла происшедшие события подстрекательской деятельностью западной агентуры.