Но в год смерти сайида Омара медресе Мухаммед-Султана, как мы видели, по всей вероятности, уже существовало; погребение сайида в пределах этого медресе тоже требовало объяснения, которого источники нам не дают; об отношениях между ним и Мухаммед-Султаном известно столь же мало, как об отношениях между ним и Тимуром. Трудно объясним, но в то же время крайне любопытен самый факт погребения Тимура, пиры которого были сплошным нарушением правил шариата, в одном мавзолее со строгим мухтасибом.
Из слов Ибн Арабшаха о лицах, приставленных к мавзолею Тимура и к «медресе», в состав которого мавзолей входил, ясно видно, что медресе после смерти Тимура более не служило для целей преподавания, как при жизни Мухаммед-Султана. Здание, в котором находилась гробница Тимура, продолжали, однако, называть «медресе» еще при Бабуре. В том же медресе стали хоронить и других представителей династии; мавзолей постепенно становился усыпальницей Тимуридов, хотя, по недостатку места или по другим причинам, утратил это значение задолго до завоевания Самарканда узбеками. Было бы интересно выяснить, когда и почему Гур-Амир как усыпальница Тимуридов заменил собой Шахрисябз; но и на этот вопрос источники не дают нам ясного ответа.
После смерти Тимура следующий случай погребения члена династии в «медресе Мухаммед-Султана», о котором говорят письменные источники, произошел в 1419 г.; в этом году (822 г. х.) умерла молодая жена Улугбека, Огэ-бегум, дочь Мухаммед-Султана, и была похоронена «рядом со своим отцом в его медресе». Именно эта гробница в Гур-Амире, насколько известно, не сохранилась.
Из лиц, умерших еще раньше, до 1409 г., в Гур-Амире похоронены внук и наследник Тимура Пир-Мухаммед и сын Тимура Миран-Шах. Из них Пир-Мухаммед был убит в северной части нынешнего Афганистана 14 рамазана 809/22 февраля 1407 г.; о его погребении нет никаких известий. Миран-Шах погиб в Азербайджане во время войны с Кара-Юсуфом туркменским, в апреле 1408 г., и был похоронен там же, в месте Сурхаб; «через некоторое время» некий Шемс Гури в одежде дервишей перенес его кости в Мавераннахр, где они были похоронены в Шахрисябзе; о перенесении их впоследствии из Шахрисябза в Самарканд ничего не сообщается; во всяком случае из этого видно, что Шахрисябз и при существовании Гур-Амира в течение некоторого времени оставался местом погребения представителей династии.
Достоверно известно только время перенесения в Гур-Амир тела Шахруха. Шахрух умер в западной Персии в воскресенье 25 зульхиджи 850 г. х. (12 марта 1447 г.); перенесение тела в столицу Шахруха, Герат, было несколько задержано смутами; в Герате Шахрух был похоронен в медресе, выстроенном его женою Гаухар-Шад, в одном и том же мавзолее со своим сыном Байсункаром, умершим в декабре 1433 г. В 1448 г. Гератом на короткое время завладел Улугбек, покидая город, он взял с собой тело Шахруха.
Из Бухары, где он проводил зиму 1448/49 г., Улугбек отправил тело своего отца в Самарканд, где оно было похоронено в мавзолее «великого амира», т. е. Тимура. Этим рассказом косвенно подтверждается местное предание, до сих пор не находившее себе прямого подтверждения в письменных источниках, что Гур-Амир был предметом особенных забот Улугбека, вообще украшавшего Самарканд, по примеру своего деда, величественными зданиями.
По-видимому, создание из Гур-Амира усыпальницы в такой же степени было личным делом Улугбека, как удаление языческого убранства первого мавзолея и погребение рядом с Тимуром сайидов – личным делом Шахруха. При Улугбеке, правившем в Самарканде еще при жизни Шахруха, в 1409 г., очевидно, были устроены существующие в настоящее время вторичные надгробия; из надписи на знаменитом нефрите, в новейшее время, к сожалению, изувеченной, известно, что этот нефрит был привезен в Самарканд Улугбеком после его знаменитого похода через Среднюю Азию до Юлдуза, совершенного в 828 г. х.(1425).
Самый подробный рассказ об этом походе сохранился в труде Мирхонда; в этом рассказе упоминается и о перевозке камней, причем вполне подтверждается мнение Н. И. Веселовского, что мы имеем здесь не монолит, впоследствии разбитый надвое, как утверждает предание, но два отдельных куска, плотно пригнанных друг к другу. По словам историка, еще Тимур велел перенести в Самарканд эти куски, которых тогда было три, но ему удалось увезти только один; два других были увезены Улугбеком. Историки не упоминают о факте, известном нам из надписи, – что привезенные камни были уложены на гробницу Тимура.