После этого Пейпер во главе двух рот прошел через Бове и соединился с застрявшим на окраине деревни отрядом Динзе. Вместе с Динзе и командиром роты унтерштурмфюрером Эрхардом Гюрзом Пейпер отправился на поиски тела Штейнметца, но, когда они его нашли, итальянцы вновь открыли огонь из миномета. Пейпер вновь приказал Grille открыть огонь. После этого итальянцы в панике бежали, и Вицорек с Бутенхоффом смогли освободиться и выйти к своим. После проведения операции отряд Пейпера вернулся в Кунео, а взвод Grille остался в Бове, где уничтожил оставшиеся в деревне боеприпасы и снаряжение. Пейпер вспоминал: «Когда я вернулся в Кунео, префект генерал Салви принес мне извинения за инцидент в Бове, заявив, что вина за него лежит на итальянских коммунистах».
В ходе «инцидента в Бове» погибло, по разным сведениям от 23 до 34 мирных жителей, что после войны было поставлено в вину Пейперу. В 1965 году против него, а также Эрхарда Гюрса и Отто Динза было выдвинуто обвинение в необоснованных убийствах мирных жителей. Однако немецкое правосудие не нашло в их действиях состава преступления и по решению министра юстиции ФРГ дело 23 декабря 1968 года было закрыто.
То непродолжительное время, пока «Лейбштандарт» находился в Италии, в его задачи входило, в основном, несение гарнизонной службы, а также – в случае необходимости – участие в операциях против отрядов итальянских партизан, движение которых после оккупации немцами Северной Италии быстро набирало обороты. В Италию пришли приказы о новых знаках отличия Пейпера – 7 сентября 1943 года он получил пряжку «За ближний бой» (Nahkampfspange) в бронзе, а уже 20 октября – в серебре.
24 октября 1943 года пришел приказ о передислокации «Лейбштандарта» вновь на советско-германский фронт – на все ту же, уже знакомую Пейперу, Украину. Переезд через всю Европу занял три недели, и 15 ноября 1943 года части «Лейбштандарта» южнее Киева нанесли сокрушительный удар по наступавшим советским войскам. Особенно кровопролитные бои разгорелись в районе города Брусилов (в Житомирской области). Эсэсовцам все же удалось сломить сопротивление противника, и 19 ноября «Лейбштандарт» вместе с дивизией СС «Дас Рейх» отбил у противника Житомир. Но в целом, несмотря на отдельные успехи, стратегическая инициатива уже прочно находилась в руках Красной Армии.
20 ноября 1943 года в районе Брусилова (в Соловьевке) скончался от ран командир 1-го танкового полка СС «Лейбштандарт СС Адольф Гитлер» оберштурмбаннфюрер СС Георг Шёнбергер – в ходе боя в районе Брусилова он был тяжело ранен осколками разорвавшейся гранаты в голову и обе руки. Командование рассудило, что наилучшей кандидатурой на занятие вакантного поста будет 28-летний Йохен Пейпер. То, что командование высоко ценило его командные качестве, подтверждает и тот факт, что к моменту назначения – 1 декабря 1943 года – Пейпер все еще носил звание штурмбаннфюрера СС, что соответствовало званию майора в вермахте, а назначение командиром полка майора событие довольно редкое даже для условий военных действий.
В декабре 1943-го дивизия вела бои в районе Житомира – уже 13 декабря советские войска начали крупное наступление на Днепровской дуге и вскоре отобрали захваченные ценой большого напряжения сил Житомир и Коростень. В январе 1944 года «Лейбштандарту» пришлось вести тяжелые бои в районе Винницы, причем здесь вновь отличился Пейпер и его 1-й танковый полк СС. 27 января 1944 года Пейпер получил дубовые листья к Рыцарскому кресту (став 337-м кавалером этой награды в Германии), и через три дня ему присвоено звание оберштурмбаннфюрера СС.
В конце января 1944 года крупная группировка немецких войск попала в котел в район Корсунь-Шевченковского – у немцев он получил название Черкасского. В кольце оказалось около 60 тысяч человек, в том числе дивизия СС «Викинг». «Лейбштандарт» был включен в состав деблокирующей группировки и в ночь на 16 февраля 1944 года начал наступление двумя группами – восточнее Винницы и в районе Умани. После прорыва окруженных войск из котла «Лейбштандарт» отошел к Ямполю, а затем к Тернополю.
В марте части войск СС вновь попали в котел – теперь уже настала очередь «Лейбштандарта». В результате наступления 1-го и 2-го Украинских фронтов почти вся 1-я танковая армия (в том числе и «Лейбштандарт») оказалась в кольце в районе Каменец-Подольска. 27 марта был нанесен деблокирующий удар, навстречу которому ударили дивизии СС «Лейбштандарт» и «Рейх». На острие удара окруженной группировки шел танковый полк Пейпера. К концу девятых суток боев был пробит коридор, по которому окруженная группировка смогла выйти на запад и избежать уничтожения. Оставлять «Лейбштандарт» на фронте было просто нельзя – от него мало что осталось, – и командование приняло решение перебросить дивизию в Бельгию для отдыха и пополнения (фактически для полного переформирования). К июню силы полка Пейпера были восстановлены и он представлял из себя довольно мощную воинскую единицу.