К шести бывшим при великом князе управлениям штаба прибавилось еще новых шесть, а именно: артиллерийское, инженерное, воздухоплавательное, интендантское, походного атамана казачьих войск и протопресвитера военного и морского духовенства. Из бывших при великом князе шести управлений два были коренным образом преобразованы. Морское управление упразднено, а вместо него образован Морской штаб Верховного главнокомандующего, состоявший из двух флаг-капитанов (равнозначных генерал-квартирмейстерам), один для Балтийского, а другой для Черного моря, из которых первый с чинами своего управления был вскоре переведен в состав штаба Северо-Западного фронта. Управление же военных сообщений преобразовано в департамент железных дорог прифронтовой и тыловой полосы театра военных действий, в коем с офицерами военных сообщений призваны были сотрудничать многочисленные инженеры путей сообщения. Причем у нового начальника этого обширного управления было два помощника: один — генерал Генерального штаба и другой — инженер путей сообщения на правах товарища министра. Остальные четыре управления бывшего штаба великого князя значительно расширились, особенно управление генерал-квартирмейстера, состав коего утроился, причем была введена должность второго генерал-квартирмейстера.
Преобразованный таким образом штаб Верховного главнокомандующего в составе двенадцати управлений вместо бывших шести насчитывал свыше 200 офицерских и гражданских чинов, т. е. в три раза больше, чем при великом князе.
Вместо бывших при великом князе единоличных представителей английских и французских вооруженных сил организовали военные миссии в составе нескольких членов, и к этим двум миссиям присоединились военные миссии Италии, Японии, Сербии, а впоследствии Румынии и Бельгии.
При великом князе ближайшее его окружение, или свита, состояло из пяти человек: один генерал для поручений, три адъютанта и управляющий его двором. При государе были: дворцовый комендант с чинами охраны, начальник походной канцелярии, флаг-капитан адмирал Нилов со своим помощником, гофмаршал со своей канцелярией, дежурный флигель-адъютант и лейб-медик.
Была вновь образована комендантская часть Ставки, которая ведала охраной и внутренним распорядком жизни, во главе которой находился генерал-начальник гвардейского жандармского эскадрона.
В результате этих преобразований в устройстве Ставки общее число входивших в ее состав чинов временами достигало 300 человек.
После ухода великого князя почти весь личный состав его штаба был смещен. Начальник штаба генерал Янушкевич уехал вместе с ним на Кавказ, а из шести начальников управления штаба на своем месте остался один лишь дежурный генерал Кондзеровский. Почти всех офицеров управлений генерал-квартирмейстера и военных сообщений отправили на фронт, и в Ставке осталось нас, бывших членов штаба великого князя, всего каких-нибудь десять человек.
Даже иностранные военные представители, с которыми великий князь был в личных дружеских отношениях и которые его глубоко почитали, были заменены другими: вместо маркиза Де-ла-Гиша начальником французской военной миссии назначили генерала Жанэна, того самого, который впоследствии в Сибири способствовал выдаче верховного правителя адмирала Колчака большевикам, а сэра Вильямса заменил шеф английской миссии адмирал Филимор.
Это радикальное изменение личного состава штаба Верховного главнокомандующего производило впечатление разгона предполагаемого в Ставке «крамольного гнезда» и еще больше подтвердило враждебность и неоправданную подозрительность престола по отношению к великому князю и его сотрудникам.
Новый личный состав штаба Верховного главнокомандующего внес в жизнь Ставки совсем иную атмосферу и идеологию. Роль нового начальника штаба генерала Алексеева была совсем иная, чем роль его предшественника генерала Янушкевича, ибо фактически он — генерал Алексеев — а не император Николай II, исполнял функции Верховного командования.
Генерал Алексеев был, бесспорно, лучшим знатоком военного дела и службы Генерального штаба по оперативному руководству высшими воинскими соединениями, что на деле и доказал в бытность свою на посту начальника штаба Юго-Западного фронта, а затем на посту главнокомандующего Северо-Западным фронтом. Обладая совершенно исключительным трудолюбием, он входил во все детали верховного командования и нередко собственноручно составлял во всех подробностях длиннейшие директивы и инструкции. Однако он не обладал широтой взглядов, присущей великим полководцам, и, к сожалению, как большинство наших офицеров Генерального штаба, находился в плену узких военных доктрин, затемнявших его кругозор и ограничивавших свободу военного творчества.
По своим политическим взглядам он, несомненно, принадлежал к либерально настроенной, честной и любящей свою родину части русского общества, а по своему происхождению стоял ближе к интеллигентному пролетариату, нежели к правящей дворянской бюрократии.