Вслед за подчинением Константинополю Печской Патриархии (1766) ему была подчинена и Охридская Архиепископия (1767). Лишение этих славянских Церквей самостоятельности вызывало их недовольство и стремление восстановить права. После провозглашения на Балканах Болгарского Экзархата (1870) в Македонии началось движение за объявление самостоятельной Македонской Церкви, но оно не было поддержано ни Константинополем, ни Экзархатом, ни русским послом в Турции графом Игнатьевым.
Решения Берлинского съезда в 1878 г. не принесли желанной свободы Македонии. Большая ее часть осталась под безраздельным турецким господством. Во время русско-турецкой войны со стороны македонцев были выражены симпатии по отношению к России, поэтому македонский народ подвергся после Берлинского съезда преследованию от мусульман. Особенно обрушилось гонение на православное сельское население. Положение усугублялось еще и стремлением Константинопольской Патриархии окончательно подчинить македонцев духовно путем установления своей юрисдикции. В свою очередь, старался сохранить церковную власть в Македонии и Болгарский Экзархат.
С расширением политических границ Сербии (согласно Берлинскому договору) и восстановлением автокефалии Сербской Православной Церкви (1879) последняя также стремилась приобщить к себе православных македонцев и подчинить их своему влиянию. С этой целью в начале 1880 г. был основан «Просветительный комитет для школ и церквей в Македонии и старой Сербии», открыты в отдельных районах Македонии сербские школы, было создано много церковно-школьных общин. Сербо-болгарская война (1885) приостановила сербскую культурно-просветительную деятельность в Македонии. Но уже в 1886 г. в Белграде было основано общество «Святой Савва», которое и продолжило начатое дело.
Одновременно в македонском народе росла и крепла мысль о церковной самостоятельности. В свете подобной церковной раздробленности и разобщенности становится понятным уход отдельных македонских церковных общин, особенно в южных городах Македонии, в унию с Римом. В македонских городах появились общины, принадлежащие разным церковным юрисдикциям. Создание двух или более церковных общин в одном месте и у одного народа привело к борьбе за храмы и их имущество, так как каждое село имело один храм, за который боролись общины.
Конец церковному плюрализму в Македонии был положен лишь после Балканских войн, в результате которых Македония была разделена между союзниками — Сербией, Болгарией и Грецией. К Сербии отошла территория нынешней Республики Македонии, к Болгарии — восточная часть (Пиринская Македония), а к Греции — южная часть до Эгейского моря. На территории каждой из этих частей разделенной Македонии была установлена юрисдикция соответствующей Церкви: Сербской, Болгарской и Константинопольской.
Во время Первой мировой войны Македония была оккупирована болгарскими войсками. Вслед за оккупацией сразу же была установлена и церковная власть Болгарского Экзархата (подобное явление было и во время Второй мировой войны). Но после окончания войны Македония снова была разделена и в политическом, и в церковном отношении между Сербией, Болгарией и Грецией. Церковная история православных македонцев Болгарии и Греции окончательно слилась с историей Болгарской и Греческой Церквей. Но иначе развивались события в Сербии.
Во время Второй мировой войны большая часть православного македонского духовенства, невзирая на чинимые оккупантами репрессии, активно сотрудничала с Народно-освободительной армией. Вскоре после освобождения от оккупантов значительной территории страны Народно-освободительной армией при ее Генеральном штабе было сформировано Религиозное представительство, охватившее ряд приходов. Было принято решение, что в будущем упраздняется зависимость Македонии от церковных властей, находящихся за пределами Македонии, и вводится в храмах македонский язык.
После Второй мировой войны образовалась инициативная группа македонских священников с целью создания независимой православной Македонской Церкви. Священнический союз начал действовать независимо от Патриархии и епископов и пропагандировать идею организации Македонской Церкви. Начиная с 1945 г., в г. Скопье состоялось несколько Соборов, на которых поднимался вопрос о самостоятельности Македонской Церкви. Но ввиду разногласий сербских иерархов по данному вопросу решение его откладывалось. И лишь Охридский собор 1958 г. вынес постановление о том, что Македонская Церковь просит только автономию.