Некоторое время Болгарская Церковь управлялась Наместником-Председателем Св. Синода, пока в 1953 г. Третий Церковно-народный собор избрал не Экзарха, а Патриарха Кирилла. Сразу после этого вновь возникли недоразумения в отношениях с Константинополем, представители которого не приняли участия в интронизации нового Патриарха. Только в 1961 г. по настойчивому ходатайству Русской Православной Церкви Константинополь признал, наконец, Патриарший статус Болгарской Церкви.
Во время своего служения Патриарх Кирилл развил весьма плодотворную деятельность во многих областях: литургической, душепастырской и церковно-общественной. Совершая неоднократные поездки за границу, он находил время для научной работы в библиотеках Москвы, Ленинграда, Белграда, Берлина, Будапешта, Вены, Парижа, Праги; проявлял большой интерес к церковной истории, в основном, Болгарской Церкви.
После смерти Патриарха Кирилла в 1971 г. был избран новый предстоятель Церкви — митрополит Ловчанский Максим.
В последнее десятилетие XX в. Болгарскую Православную Церковь постигли серьезные нестроения. После падения коммунистического режима Тодора Живкова в октябре 1989 г. новое правительство стало не менее активно, чем коммунистическое, вмешиваться в дела Церкви. В жизни Болгарской Церкви начался новый период, сопровождающийся серьезными проблемами. Демократическая общественность выступила с демагогическими требованиями по отношению к Патриарху Максиму, где содержался призыв к покаянию за сотрудничество с коммунистическим правительством, а также упреки в том, что его избрание в 1971 г. было неканоническим, поскольку происходило при вмешательстве властей. В июне 1990 г. в прессе было опубликовано письмо 6 членов Болгарского Синода во главе с митрополитом Неврокопским Пименом с подобным призывом к покаянию.
С одобрения властей, во время визита в 1991 г. Вселенского Патриарха Димитрия «Христианский союз спасения», возглавляемый иеромонахом Христофором Сабевым, провел демонстрацию протеста против «священства в партийном мундире». Сабев, будучи депутатом Парламента и председателем парламентской комиссии по вероисповеданию, совместно с чиновниками комитета по делам религий при Совмине объявил о ниспровержении Патриарха Максима, как сотрудничавшего с коммунистической властью, и о роспуске Синода.
К 1992 г. в Церкви сформировалась мощная оппозиция, которая при поддержке демократов, стоявших у власти, перешла в наступление. На Пасху Патриарху не дали совершить богослужение в кафедральном соборе, а в мае 1992 г. правительство, вмешиваясь во внутренние дела Болгарской Церкви, приняло решение об отставке Патриарха Максима и о признании нового состава Синода во главе с митрополитом Пименом. Некоторые члены Св. Синода поддержали это решение, но другие твердо стояли на том, что каноны не позволяют смещать Патриарха из-за вмешательства государства. Трое епископов, поддержавших решение правительства, объединились под лидерством митрополита Неврокопского Пимена и публично призывали к смещению Патриарха Максима.
25 мая 1992 г. Комитет по делам религии при Совмине Болгарии в циркулярном письме констатировал как факт отстранение Патриарха Максима от власти. С мая 1992 г. начал действовать самочинный раскольнический «синод», признанный Болгарским правительством. Резиденция главы раскольников находилась в Благоевграде. Позже раскольники сумели захватить здание Болгарской Патриархии, а в сентябре 1992 г. раскольникам при посредничестве правительства удалось захватить Софийскую семинарию.
В 1995 г. ряд иерархов-раскольников принесли покаяние и были приняты Патриархом Максимом в общение, но раскол не прекратился. Все Православные Церкви единодушно поддержали законного Патриарха Максима и осудили действия раскольников во главе с митрополитом Пименом, который в 1996 г. был избран устроителями смуты на «Церковно-народном соборе» из 95 делегатов, «патриархом». В храме Св. Параскевы в Софии 4 июля прошла церемония интронизации «патриарха» Пимена, которую провел «патриарх» Киевский Филарет (Денисенко).
Государство продолжало оказывать давление на законную Церковь, и в 1997 г. Верховный административный суд Болгарии отменил регистрацию органов церковного управления во главе с Патриархом Максимом. На следующий день Святейший Патриарх Максим встретился с президентом Болгарии и заявил, что не намерен покидать свой пост.