Попытки покорения Корё возобновились в 1253 году. С 1254 года монголы начали использовать тактику разорения Корё, чтобы оставить правительство и войско на острове Канхвадо без снабжения. Партизанского сопротивления в таких условиях возникнуть не могло. Некоторые корёские военачальники переходили на сторону монголов, поскольку были уверены в скором падении своего государства. Вдобавок ко всему монголы начали строить флот вблизи острова Канхвадо для переправки своих войск. На самом острове, то есть в столице Корё росло недовольство кланом Чхве, допустившим великое разорение страны монголами. Чхве Ый, получивший власть в 1257 году после смерти своего отца Чхве Хана, совершенно не занимался делами правления. В 1258 году он был убит своими же военачальниками. Вскоре после этого начались переговоры с монголами, которые в то время направили основные силы на покорение китайской империи Южная Сун, продолжавшей сопротивление до 1279 года. На сей раз монголы, уже успевшие усвоить, что Корё является «крепким орешком», не только выдвинули требования, но и желали контролировать их исполнение. Среди требований были такие, как участие корейцев в предстоящем завоевании Японии и проведение переписи населения. По мнению военных эти требования являлись позорными и унизительными. Так оно в общем-то и было, но в том положении, в котором оказалось Корё, выбирать не приходилось. Отклонение монгольских требований привело бы к падению государства. С другой стороны, монголам был нужен мирный плацдарм для подготовки нападения на Японию, и еще им не хотелось отвлекать много сил от войны с Южной Сун, поэтому монголы готовы были идти на определенные уступки. Корёскую делегацию на переговорах возглавлял наследный принц Сик, будущий правитель Воджон. Он сумел установить приязненные отношения с монгольским ханом Хубилаем, который стал правителем Монгольской империи в 1260 году. С того же момента империя начала распадаться на части, и в 1271 году Хубилай основал на восточной ее части империю Юань и стал ее первым правителем.
Гражданские сановники и Вонджон, ставший правителем в 1259 году после смерти своего отца, выступали за установление прочного мира с монголами, то есть — за прекращение сопротивления и выполнение всех монгольских требований. Военные в большинстве своем были против этого, они ставили свои амбиции выше блага разоренной войнами страны. Камнем преткновения стало монгольское требование о возвращении столицы в Кэсон. Правитель и гражданские сановники хотели этого, поскольку остров Канхвадо был оплотом военной диктатуры, ведь здесь были сосредоточены основные военные силы, в том числе и пресловутые Три отдельных корпуса. Переезд в Кэсон давал возможность освободиться от власти военных. Военные это прекрасно понимали и категорически возражали против переноса столицы. Противостояние между диктатурой и правителем дошло до того, что в 1269 году диктатор Лим Ён предпринял попытку свержения Вонджона. Правителю пришлось просить помощи у монголов. В 1270 году при поддержке монголов Вонджон положил конец диктатуре военных, объявил о возвращении столицы в Кэсон и приказал распустить Три отдельных корпуса. Часть воинов этих корпусов во главе командиром Пэ Джун Соном отказалась повиноваться приказу, они захватили государственную казну и пытались воспрепятствовать возвращению двора в Кэсон. Монгольское войско вынудило мятежников эвакуироваться с Канхвадо на южный остров Чиндо, где они попытались создать свое правительство и даже добились признания своей власти в некоторых южных областях Корё, но в 1273 году с ними было полностью покончено.
Корё под властью империи Юань
Во время переговоров с Хубилаем Вонджону удалось отстоять номинальную самостоятельность Корё. За исключением отдельных районов в Корё не было прямого юаньского (монгольского) правления, но зависимость от монголов фактически была полной и касалась всех сфер жизни. Никакого сравнения с вассалитетом по отношению к империи Тан или империи Цзинь и проводить было нельзя. Только что освободившийся от власти военных Вонджон стал марионеткой в руках Хубилая и его ставленников.