Ко времени глубокого кризиса Второй республики и полного банкротства политического курса Чан Мёна – Юн Бо Сона Вашингтон располагал в Сеуле достаточно надежным кадровым резервом в лице новой военной элиты, вокруг которой усиленно создавался ореол прочной «надклассовой силы», сохраняющей верность высоким принципам конфуцианской и офицерской этики и способной подавить протекционизм, клановость, коррупцию и анархию гражданской администрации.
Действия военных мятежников поражают своей четкостью и последовательностью. Тайная офицерская организация в ВС РК возникла в начале 1960 г., т. е. еще в последние месяцы лисынмановского правления. В организацию вошли: зам. начальника штаба 2-й армии, генерал-майор сухопутных войск Пак Чжон Хи, генерал-майор морской пехоты Ким Дон Ха, подполковник Ким Джон Пхиль и некоторые другие. Организацию поддерживала немалая часть офицерского корпуса, недовольная засильем командиров, сделавших карьеру при Ли Сын Мане. Оппозиционно настроенные офицеры были встревожены планом кабинета Чан Мёна провести новое сокращение вооруженных сил до 400 тыс. чел., тогда как еще в 1958 г. в ней насчитывалось около 700 тыс. солдат и офицеров. Военный переворот был назначен вначале на 19 мая 1961 г. – годовщину «апрельской революции» 1960 г., но затем срочно перенесен на 16 мая, чтобы предотвратить объявленный на 20 мая марш студенчества и молодежи на Пханмунджом. Согласно версии, утвердившейся в южнокорейской историографии, Военно-революционный комитет своевременно «информировал» командующего «войсками ООН» в РК генерала Макгрудера, который вначале для прикрытия «осудил» переворот, но уже 20 мая, следуя директиве из Вашингтона, официально признал новую военную власть, правда, с пожеланием как можно быстрее восстановить в стране гражданское правление.
Официальное благословение со стороны Вашингтона было поворотным моментом в осуществлении военного мятежа. Непосредственно в перевороте 16 мая 1961 г. участвовало лишь 3,5 тысячи солдат и около 250 офицеров. Мятеж подняла расположенная в районе Кимпхо бригада морской пехоты, к которой присоединились 30-я и 33-я пехотные дивизии и подразделения ВДВ. К 3 часам ночи путчисты подошли к центру Сеула и практически без боя овладели стратегическими объектами столицы – главпочтамтом и телеграфом, радиостанцией, издательствами и типографиями, правительственными зданиями. В 5 часов утра глава ВРК, начальник штаба сухопутных войск Чан До Ён и его заместитель генерал Пак Чжон Хи сделали первое заявление, из которого следовало, что армия отстраняет беспомощное и бездарное гражданское правительство Чан Мёна и берет в свои руки всю полноту власти. В качестве первоочередных задач военного режима провозглашались: возрождение национальной экономики, искоренение коммунизма, национальное воссоединение.
Получив информацию о военном перевороте, премьер Чан Мён укрылся в женском монастыре, откуда официально объявил о своей отставке в пользу военных. Затем и президент Юн Бо Сон издал свой последний декрет: не противодействовать акциям ВРК. Это была окончательная победа военного переворота, поддержанная в конечном итоге всеми вооруженными силами. Верховным органом власти был провозглашен созданный на базе ВРК Высший совет государственной реконструкции (ВСГР).
6 июля 1961 г. Высший совет государственной реконструкции издал Закон о временных чрезвычайных мерах по реконструкции государства, на основе которого основные министерские функции (в области экономики, финансов, образования и др.) передавались 7 специальным подкомиссиям, в состав которых вошли в основном представители военной элиты. Вслед за этим было создано Центральное разведывательное управление (по аналогии с американским ЦРУ), учреждены «революционные суды», перед которыми предстали должностные лица прежней администрации, обвиненные в злодейском расстреле участников Апрельской революции 1960 г. Военные существенно ограничили деятельность старых политических партий – Либеральной, Демократической, Новой демократической. В ходе этих реформ резко обостряется борьба за власть внутри самой военной хунты. 2 июля 1961 г. внезапно подали в отставку глава ВРК генерал Чан До Ён и группа его сторонников. Вслед за этим они были арестованы и преданы суду за попытку совершить покушение на Пак Чжон Хи. С этого времени председателем ВРК с практически неограниченными полномочиями становится сам Пак Чжон Хи. Сформулированная под его диктовку конституционная реформа предусматривала: а) введение сильной власти президента, избираемого прямым голосованием; б) формирование однопалатного парламента с ограниченными функциями; в) проведение всенародного референдума по вопросам конституционных поправок. 17 декабря 1962 г. новая версия Конституции РК прошла референдум, и перед Пак Чжон Хи открылась возможность сменить военный мундир на гражданское платье. С 1 января 1963 г. в стране возобновили деятельность политические партии.