Для обеспечения надежной защиты прав граждан и соблюдения Основного закона впервые в истории РК формировался Конституционный суд (КС), состоящий из 9 судей, избранных Национальным собранием (3 места), Верховным судьей (3 места) и президентом (3 места). В прерогативы КС вошли: определение конституционности того или иного закона, включая решения об импичменте главы государства, роспуск политической партии, урегулирование юридических споров между государственными организациями и ведомствами, а также рассмотрение обращений по вопросам, имеющим отношение к Основному закону.
Председатель КС назначается по согласованию с Национальным собранием президентом РК сроком на шесть лет. Члены КС не имеют права состоять в каких-либо политических партиях и организациях, заниматься политической деятельностью. Члены КС могут быть смещены или отозваны со своих постов только на основе парламентской процедуры импичмента или приговора суда. В начале 1988 г. КС был сформирован и сразу же стал важным звеном в системе демократической власти РК.
Конституция Шестой республики сохранила институт президента как главы государства и главы исполнительной власти, избираемого всеобщим, равным, прямым и тайным голосованием сроком на 5 лет и только на один срок. Под интенсивным давлением оппозиции были введены и другие принципиальные новшества, ограничивающие полномочия главы государства, которые он имел прежде. Президент обязан отчитываться о своей деятельности перед Национальным собранием, которое получило право импичмента главы государства.
Обладая верховной исполнительной властью, президент является главным дипломатом страны и осуществляет разработку внешней политики и ее практическое руководство. Уникальная обязанность президента добиваться мирного воссоединения нации, поэтому в составе правительства помимо МИДа действует Управление (министерство) национального объединения. Как глава администрации президент вводит в действие законы, принятые Национальным собранием, издает соответствующие законы, возглавляет законотворческий процесс, назначает должностных лиц, включая премьер-министра и глав исполнительных органов власти. Президент является лидером ведущей политической партии, главнокомандующим вооруженными силами, руководителем Государственного совета.
Как главное должностное лицо, отвечающее за обеспечение национальной безопасности, он наделен необходимыми полномочиями в принятии ответственных решений в случае возникновения критических ситуаций, включая угрозу извне и стихийные народные волнения. Новые его решения в этой области требуют одобрения Национального собрания, и если такого одобрения нет, то меры главы государства отменяются, т. е. считаются недействительными. Под руководством президента работает Агентство по планированию государственной безопасности (АПГБ), которое было создано еще в 1961 г. под названием Центральное разведывательное управление. Позднее АПГБ было переименовано в Агентство государственной информации (АГИ).
Руководимый президентом Государственный совет (ГС) несет ответственность за практическую реализацию внутренней и внешней политики. В состав ГС входят: председатель (президент), премьер-министр (зам. председателя), министр Управления экономического планирования (в ранге зам. премьера), министры отраслевых министерств. Госсовет прорабатывает узловые вопросы внешней и внутренней политики, включая объявление войны и заключение мирных договоров, проекты поправок к Конституции, проект бюджета, указы президента чрезвычайного характера. Госсовет рассматривает также вопросы о роспуске той или иной политической партии, назначает генерального прокурора, ректоров госуниверситетов, главнокомандующих родами войск, директоров крупных государственных корпораций и предприятий. Проработка на заседаниях Госсовета всех ключевых вопросов внутренней и внешней политики считается гарантией того, что глава государства не допустит принятия односторонних и поспешных решений.
В группу ведущих министерств входит Управление экономического планирования и Управление национального объединения, которое возглавляет заместитель премьер-министра страны. Управление с функциями министерства разрабатывает стратегические и практические вопросы объединения Кореи и имеет в своей структуре: Отдел планирования и управления политикой объединения, Бюро по вопросам межкорейского обмена и сотрудничества, Бюро просвещения населения и общественной информации. Управление направляет деятельность Института политического просвещения по вопросам национального воссоединения, курирует Отдел диалога «Юг – Север», издает ряд периодических изданий, сборники документов, монографии корейских и зарубежных авторов, обеспечивает сотрудничество с консультативными структурами зарубежных корейских диаспор по вопросам воссоединения Кореи.