3 сентября 36 года до н. э., в условленный день, флоты сошлись для битвы. Это сражение, известное как битва при Навлохе, отличалось невиданным ранее по массовости применением различного рода средств дистанционного поражения, флоты сходились, выстроившись правильными фронтальными линиями. Еще в фазе сближения с их палуб и башен противники открыли друг по другу просто ураганную стрельбу, бросая как машинами, так и собственными руками зажигательные снаряды, копья, стрелы и камни. Через короткое время строи кораблей столкнулись. Таранные удары наносились с огромной силой — некоторые приходились в борт, другие — в эпотиды, третьи были лобовыми. Эти последние не разрушали, как правило, корпуса судна, однако от сильнейшего толчка воины, как правило, просто слетали с башен, как и многие гребцы и моряки, сбрасываемые со своих мест. В результате многие суда становились временно небоеспособными — десятки и сотни людей беспорядочно карабкались по всем корабельным конструкциям, стараясь занять должное место для боя или управления судном. Очень ярко проявилась роль малых вспомогательных кораблей и либурн. Они сновали между сражающимися судами и стали главным спасательным средством: множество оказавшихся в воде людей были подобраны именно ими. Многие корабли сознательно или случайно промахивались при лобовой атаке и, проплывая друг мимо друга, буквально осыпали противника копьями и метательными снарядами. В некоторых случаях доходило до абордажного боя.
Свой флот Секст Помпей двинул навстречу римлянам с востока вдоль сицилийского берега. Агриппа, узнав о движении неприятеля, двинулся к нему навстречу с запада. Понимая, что столкновение неизбежно, оба противника шли, заранее выстроившись в боевые порядки, развернутым фронтом в две линии. Ранним октябрьским утром обнаружив друг друга, противники начали решительное сближение, а затем с оглушительными криками под рев боевых рогов бросились в атаку.
Первыми вступили в дело катапульты, затем, по мере сокращения дистанции, лучники, пращники, метатели копий и горящих дротиков. После этого началась всеобщая свалка, где каждый пытался таранить другого, обломать ему весла, после чего взять на абордаж.
Историк сражения пишет: «Корабли Помпея шли так тесно, что не могли воспользоваться своей быстроходностью и поворотливостью, между тем как новые абордажные снаряды оказались очень удобными в тех случаях, когда обыкновенные абордажные крюки не могли достать до неприятеля, тем более что у помпеянцев не было пик с кривыми ножами на конце, при помощи которых можно было перерезать канаты. Старинный римский способ сражаться на море — абордажный рукопашный бой в связи с навесной стрельбой зажигательными снарядами и на этот раз решил участь сражения, и конечно, в пользу более высоких и имевших более сильные экипажи кораблей Агриппы».
Сам римский предводитель в ходе сражения также продемонстрировал незаурядный военный талант и умение просчитывать ситуацию на несколько ходов вперед, то есть именно то, что отличает выдающегося флотоводца от флотоводца посредственного.
Уже в самом начале боя он, оглядев неприятельские боевые порядки и увидев, что их фронт сильно стеснен и значительно короче его собственного построения, приказывает своему левому крылу немедленно атаковать противника во фланг с тем, чтобы охватить его. Решение на редкость своевременное и правильное! Затем, видя, что охват неприятельского фланга продвигается медленнее, чем того бы хотелось, он своевременно подкрепляет атакующих за счет кораблей второй (резервной) линии.
Историк А. А. Хлевов в своей работе «Морские войны Рима» пишет: «В рамках сражения применялись все способы ведения боя. Однако, как говорили участники сражения, наиболее эффективным средством поражения оказался именно гарпакс. Изобретение Агриппы было исключительно удачным. Средств борьбы с ним не существовало — слишком непривычным и новым было это оружие. Перерубить бревно при всем желании было просто невозможно из-за железной оковки. Также не удавалось и перерубить канаты, на которых он крепился, — они начинались более чем в полутора метрах от борта, и ни одно оружие не способно было достать до них. Потом, впрочем, будут придуманы и введены на боевых кораблях специальные „антигарпаксные“ средства в виде серпообразных лезвий, насаженных на длинные рукоятки. Однако в битве при Навлохе они, конечно, на кораблях еще отсутствовали.
Впрочем, чисто эмпирическим путем был найден определенный паллиатив: помпеянцы поняли, что если дать задний ход, то можно препятствовать притягиванию кораблей друг к другу. Однако и цезарианцы гребли изо всех сил, а так как корабли, как правило, имели вполне сопоставимую мощность, выражаемую в „человеческих силах“, это уравнивало шансы. Силы гасили друг друга, а машины притягивали гарпаксом вражеское судно, после чего следовал абордаж.