Покидая Египет, Бонапарт даже не удосужился предупредить об этом своего преемника на посту командующего армией генерала Клебера. Тому лишь была вручена инструкция. В ней Бонапарт успокаивал Клебера, обещая приход в Египет французской эскадры. Но после «успокоительной пилюли» Наполеон переходил к главному: «Если же вследствие неисчислимых непредвиденных обстоятельств все усилия окажутся безрезультатными и вы до мая месяца не получите ни помощи, ни известий из Франции и если, несмотря на все принятые меры, чума будет продолжаться и унесет более полутора тысяч человек... вы будете вправе заключить мир с Оттоманской Портой, даже если главным условием его будет эвакуация Египта»{18}
.Таким образом Бонапарт давал Клеберу карт-бланш на заключение мира с турками и англичанами при условии эвакуации французской армии из Египта. В том же приказе Наполеон откровенно врал: «Правительство вызвало меня в свое распоряжение». На самом деле Директория меньше всего желала видеть Бонапарта в Париже.
Между тем для очищения Египта в Сирии уже была сформирована 80-тысячная турецкая армия.
30 декабря 1799 г. турки взяли форт Эль-Ариш. Это вынудило Клебера подписать 21 января 1800 г. Эль-Аришскую конвенцию, по которой французские войска должны были быть перевезены во Францию на своих или турецких судах.
Клебер отправил с донесением об этом Директории генерала Дезе и сдал туркам Катие (Катиех), Салагие (Салехие) и Белбейс. Французская армия уже готовилась очистить Каир, как было получено уведомление от адмирала Кейта, командовавшего английским флотом в Средиземном море, что британское правительство требовало сдачи французской армии в плен без всяких условий.
Клебер решил продолжать борьбу. 20 марта близ Каира, у развалин древнего города Гелиополиса, он разбил главные силы великого визиря и преследовал их до Салагие. В Сирии остатки турецкой армии были уничтожены арабами.
После сражения у Гелиополиса Клебер, отправив часть своих войск в помощь каирскому гарнизону, окруженному восставшим населением и турецкими войсками Нассифа-паши, преследовал великого визиря до Салагие. Оставив там Ренье, он 27 марта с остальными силами прибыл к Каиру, который был уже во власти Нассифа-паши и Ибрагим-бея. Сообщив им об участи армии великого визиря, Клебер предложил очистить город.
25 апреля 1800 г. Каир сдался французам. Клебер принялся за приведение в порядок внутренних дел и водворение спокойствия в стране. Им были приняты меры к укомплектованию армии местным населением. Так, в Нижнем Египте охотно поступали в ряды французских войск копты, сирийцы, эфиопские невольники.
14 июня Клебер был убит фанатиком, подосланным визирем. К этому времени английское правительство, несколько изменив взгляд на египетский вопрос, утвердило Эль-Аришскую конвенцию. Но генерал Мену, принявший после Клебера командование, ссылаясь на отсутствие полномочий, предложил известившему его об этом адмиралу Кейту обратиться в Париж. Тогда английским правительством был выработан план высадки 20-тысячного отряда британских войск западнее устья Нила для совместных действий с Сирийской армией турок, которая должна была наступать по правому берегу реки. В то же время 8-тысячный английский корпус из Ост-Индии предполагалось от Суэца двинуть в тыл французам.
Бонапарт, ставший первым консулом, принимал все меры, чтобы усилить армию в Египте и облегчить ее положение.
В начале 1801 г. в турецкой армии в Сирии началась эпидемия чумы. Несмотря на высадку 8 марта 1801 г. английских войск в Абукире, война затянулась, и лишь 31 августа генерал Мену, заменивший убитого Клебера, подписал конвенцию об эвакуации французских войск из Египта.
Были ли Египетская экспедиция Наполеона авантюрой? И да и нет. Наполеон планировал создать в Египте цветущую экономику. «Тысяча шлюзов обуздает и будет распределять воды паводка по всем частям страны; 8 или 10 миллиардов кубических туазов воды, которые пропадают каждый год в море, распределялись бы между всеми низменными районами пустыни, озером Мерис, озером Ма-реотис и Безводной рекою, до оазисов и значительно дальше на запад, а в восточном направлении поступали бы в Горькие озера и во все низменные районы Суэцкого перешейка и пустынь между Красным морем и Нилом; большое количество нагнетательных насосов и ветряных мельниц поднимали бы воду в водохранилища, оттуда ее можно было бы брать для орошения; многочисленные эмигранты из внутренней части Африки, Аравии, Сирии, Греции, Франции, Италии, Польши, Германии учетверили бы население; торговля с Индией вернулась бы на свой древний путь благодаря необратимой силе естественных условий; к тому же, господствуя в Египте, Франция господствовала бы и в Индостане...
После 50 лет владения Египтом цивилизация распространилась бы во внутренней части Африки через Сеннар, Абиссинию, Дарфур, Феццан; несколько больших наций были бы призваны насладиться благами искусств, наук, религии истинного бога, ибо именно через Египет к народам Центральной Африки должны прийти свет и счастье!!! <...>