Главное управление ГПО состояло из трех отделов (общего, оперативного и следственного).
Согласно Положению, нижестоящими звеньями структуры ГПО являлись областные отделы, уездные отделения, контрольно-пограничные (информационные) пункты.17 марта 1921 г. приказом № 38 были объявлены новые штаты ГУ ГПО, утвержденные МВД и бюджетной комиссией Минфина ДВР. В соответствии со штатным расписанием были приведены существовавшие структуры ГУ ГПО и подразделений на местах. Новая структура ГУ ГПО
включала: директора, секретаря, заместителей директора (3 чел.), инспекторский отдел (10 чел.), регистрационное бюро (10 чел.), информационное бюро (8 чел.), общий отдел (8 чел.), хозяйственную часть (27 чел.) и бухгалтерию (8 чел.)[485].