Когда все расходятся, Лестеру удается остаться наедине с Матильдой (чуть позже появляется и Энрико), он упрекает ее за то, что она подвергла себя такой опасности, ведь потомство Марии ненавистно Елизавете так же, как сама Мария, и им с Энрико грозит здесь гибель. Заметим, что согласно либретто Матильда и Энрико не кто иные, как… дети Марии Стюарт. Матильда признается, что на столь рискованный шаг ее толкнули любовь и ревность, ибо она слышала, что королева неравнодушна к храброму графу.
Лестер препоручает заботу о Матильде Энрико, а сам отправляется на поиски Норфолка, он хочет посоветоваться с герцогом, которого считает своим вернейшим другом.
И вот уже Лестер рассказывает Норфолку историю своего знакомства с Матильдой: там, в Шотландии, ураган разлучил его с его солдатами, он заблудился, его приютил пастух, в хижине которого он увидел девушку, вроде бы дочь хозяина; любовь сразила его с первого взгляда, он надумал жениться, и смущенный пастух открыл ему страшную тайну, поведав, что юноша и девушка, живущие в его хижине – королевские дети… Норфолк подбадривает Лестера, пусть он рискнул карьерой и жизнью, но любовь его оправдывает, он уверяет графа в своей дружбе, однако не успевает тот уйти, как злодей — а он и вправду выведен эдаким оперным злодеем — кидается к королеве, спеша наябедничать. С лицемерными выражениями сочувствия и понимания он разбивает сердце Елизаветы.
Королева убита горем, но затем ее охватывает жажда мести, она приказывает позвать Лестера и привести шотландцев-пажей, среди которых быстро распознает свою счастливую соперницу. Вначале, впрочем, она не подает виду, а обращается к Лестеру, объявляя, что его ждет награда за спасение королевства, по ее знаку вносят некий предмет, королева срывает с него покрывало, это корона. Елизавета предлагает Лестеру стать ее мужем и королем. Тот теряется, потом отнекивается, скромный вассал, дескать, недостоин трона, королева выходит из себя, разоблачает тайных супругов и приказывает их арестовать.
Акт 2
Норфолк торжествует, он уже упивается грядущими почестями, первым местом при дворе и, кто знает, может, ему суждено даже подняться на трон… Но тут Гульельмо разрушает его надежды, королева не желает его видеть и слышать и предписывает ему покинуть двор. Норфолк удаляется в растрепанных чувствах.
Покои королевы. Елизавета велит привести Матильду и затем Лестера. Она предлагает девушке в обмен на жизни Лестера, Энрико и свою отказаться от прав на сердце графа. После недолгого сопротивления Матильда подписывает «отречение».
Вводят Лестера. Елизавета демонстрирует ему подписанную Матильдой бумагу и предлагает сделать то же самое. Возмущенный и оскорбленный граф отказывается.
Возле тюрьмы, в которую бросили Лестера, собрался народ, солдаты горюют о своем любимом командире, которому грозит смерть. Показывается Норфолк, уязвленный пуще прежнего отлучением от двора, он мечтает отомстить. Подслушав разговоры собравшихся, он моментально соображает, как воспользоваться общей любовью к опальному графу себе на благо, и принимается убеждать народ освободить генерала силой, отличная идея, он накажет тем самым неблагодарную королеву и окончательно погубит Лестера. Народ колеблется, ведь это бунт, но немного демагогии, и Норфолку удается уговорить людей пойти за ним.
Лестер в тюрьме. Входит Норфолк, с ним несколько человек, которым он приказывает разобрать стену, за ней камера, где находятся Матильда и Энрико, Лестер встречает «спасителя» настороженно, подозревая, что именно Норфолк его выдал, но лицемеру удается его разубедить. Однако следующий шаг коварного герцога кончается провалом, Лестер отказывается возглавить пришедший его освободить народ, он не бунтовщик и будет верен трону в любом случае, даже если эта верность будет стоить ему жизни.
Неожиданно открывается потайная дверь, входит королева. Норфолк прячется в тень, как и Матильда с Энрико, которые уже перебрались сквозь отверстие в стене в камеру Лестера. Королева объявляет графу, что суд приговорил его к смерти, но она, Елизавета, не в состоянии утвердить приговор и пришла, чтобы дать ему бежать. Лестер отказывается, если он убежит, люди сочтут его бунтовщиком, он предпочитает умереть, просит только пощадить Матильду и Энрико. Королева качает головой, это невозможно, Норфолк уже обвинил их перед судом, как сообщников генерала по государственной измене. Норфолк?! Простодушный граф поражен, Елизавета резко высказывается в адрес вероломного Норфолка, тот, поняв, что все пропало, пытается убить королеву, но подоспевший Энрико обезоруживает его. Герцог схвачен, Лестер с Матильдой и Энрико прощены, остается только послушать финальную арию королевы.