Если система защиты корпуса бронёй в целом повторяла прежний «Баян», то местное бронирование было существенно усовершенствовано. В первую очередь это коснулось боевых рубок «Паллады» и «Баяна», конструкция которых претерпела существенные изменения по сравнению с изначальным французским проектом и воспроизводившим его решения «Адмиралом Макаровым». Боевая рубка адмиралтейских крейсеров представляла собой вместительное, широкое помещение (глубиной 2,43 м и шириной 4,57 м), в котором находилось по боевому расписанию вдвое большее по сравнению с прежним число людей. В плане она имела форму, плоскую в задней части, круглую с бортов и сходящуюся к носу в виде очень тупого, закруглённого у вершины угла. По периметру рубка снабжалась смотровыми щелями шириной 76 мм, середина их приходилась на отметке 1,68 м от уровня пола.
Стены рубки были вертикальными, в них сверху врезалась в четверть плоская броневая крыша толщиной 75 мм, крепящаяся к стеновым плитам вертикальными гужонами диаметром 25 мм. Доступ в рубку снаружи осуществлялся через тыльную броневую дверь шириной 0,76 м и толщиной 76 мм, установленную заподлицо с наружной плоскостью брони рубки также в четверть. В полу броневой рубки имелся люк, через который по вертикальному цилиндрическому броневому колодцу (внутренний диаметр 1067 м, толщина стен 80 мм), несколько отнесённому влево от диаметральной плоскости, осуществлялось сообщение с центральным постом. В колодце находился скоб-трап и проходили телефонные линии, а также переговорные трубы. На протяжении межпалубного пространства от средней до нижней палубы, защищенного с бортов 50 мм плитами верхнего пояса, конструкция колодца существенно облегчалась - здесь он состоял из двух слоёв стали 10 мм толщины. На крыше боевой рубки располагался ходовой мостик с устройствами управления кораблём, дублирующими расположенные уровнем ниже в боевой рубке (штурвал, компас, машинный телеграф, рулевые и машинные указатели и пр.). Специальной ходовой рубки крейсера так и не получили и на походе мостик закрывался сверху и по периметру специальными обвесами по вертикальным стойкам по его краю.[19
РГАВМФ, ф. 876, оп. 45, д. 3407.]Что касается боевой рубки «Адмирала Макарова», она была более примитивна и являлась симбиозом довоенного и послевоенного подходов - эллиптическая в плане рубка первого «Баяна» оборудовалась вместо прежнего прикрытия в виде зонтика плоской броневой крышей, как и у обоих адмиралтейских крейсеров. Анахронизмом оставался вход в рубку - свободный проём в тыльной части шириной 0,9 м, условно прикрытый отдельно стоящей сзади выпуклой в плане вертикальной броневой плитой.
В соответствии с новыми взглядами на использование дальномеров в бою все три крейсера получили дальномерную рубку, которая представляла собой цилиндрическую конструкцию внутренним диаметром 1,8 м из кованой брони в 60 мм. Высота рубки в свету составляла 1,91 м; она прикрывалась плоской крышей толщиной 45 мм. Дальномерная рубка «Адмирала Макарова», не предусмотренная исходным проектом, выполнялась в спешке и для её установки не нашли иного места, кроме как в корме на 116 шп., перед 8" башней. В отношении рубок «Паллады» и «Баяна» возобладало более взвешенное решение: их установили в непосредственной близости к боевому командному посту - над боевой рубкой, несколько сместив к корме. Доступ в дальномерные рубки осуществлялся снизу через люк в полу размерами 0,6 х 0,45 м.