Невежество и антисемитизм Григорьева и его соратников воплотились в серии жестоких и кровавых еврейских погромов, в ходе которых погибло около 5 тыс. человек. Повстанцы, подогретые антисемитской пропагандой, срывали свою ненависть к диктатуре коммунистов на евреях, которых считали большевиками и виновниками всех своих несчастий. 15 мая в Елизаветграде было уничтожено более трех тысяч евреев, вчерашние красноармейцы убивали женщин, детей, стариков. Среди убитых был младший брат будущего руководителя Коминтерна Григория Зиновьева, местный анархист Миша Злой. Погром коснулся и так называемых «пришельцев с Севера» – русских, несколько сот которых были зверски убиты. Волна погромов прокатилась также по другим городам: Умани, Кременчугу, Черкассам, Екатеринославу. В очередном «универсале» Григорьев обрушился на «горбоносых комиссаров» и призвал грабить Одессу – город с большим еврейским населением – до тех пор, пока оно не станет маленьким. По свидетельству очевидца событий Ивана Бунина, изложенному в «Окаянных днях», в мае 1919 г. григорьевщиной была охвачена почти вся Малороссия. Григорьевщина распространилась на большей территории Херсонской и Екатеринославской губерний.
9 мая Григорьев начал наступление из района Знаменка – Александрия по нескольким направлениям: на Екатеринослав (ныне Днепропетровск) двигалась группа начальника штаба Тютюнника, на Киев – во главе с командиром бригады Павловым, на Черкассы – во главе с казачьим атаманом Уваровым. Елизаветградом овладела группа под командованием атамана Горбенко. В городе были разогнаны Совет и ЧК, обезоружены воинские части, производились расстрелы коммунистов. Власть в уездном городе оказалась в руках григорьевского ревкома. Повстанцы захватили Черкассы, Умань, Кременчуг, Екатеринослав, Елизаветград, Херсон, Николаев и другие города. Первоначально военные силы повстанцев имели 16 тыс. штыков, 52 орудия, 7 бронепоездов и около 500 пулеметов. С развитием восстания количество повстанцев превысило 20 тыс. человек. В середине мая успех сопутствовал восставшим: их поддерживало крестьянство центра Украины и часть красноармейцев, преимущественно украинского происхождения. Перед крестьянами Григорьев выступал как защитник православной веры и украинского народа. Появилась реальная опасность перехода всех украинских советских армий на сторону Григорьева. В своем очередном универсале атаман поспешил объявить, что коммунисты уже разбиты на всех фронтах, а ленинское правительство бежит за границу через Полтавщину.
Восстание Григорьева произошло в период ожесточенных сражений красного Южного фронта с наступающими армиями Деникина этим и объясняются первоначальные успехи атамана. Для борьбы с восстанием советскому военному командованию пришлось срочно высвобождать с фронта воинские части. 10 мая 1919 г. Григорьев был объявлен вне закона. 14 мая три группы советских войск общим количеством 30 тыс. солдат начали наступление из Киева, Полтавы и Одессы. 15 мая группа А. Я. Пархоменко отбила у григорьевцев Екатеринослав, причем город трижды переходил из рук в руки. 16 мая 1919 г. в бронированном поезде на Украину прибыл председатель РВСР Л. Д. Троцкий. Каждый десятый пленный повстанец был расстрелян.
Стремясь сохранить инициативу в своих руках, Григорьев использовал тактику «молниеносной эшелонной войны». Посадив большую часть своих войск в эшелоны, он двинул их на Полтаву, Киев, Екатеринослав. Однако «эшелонная война» выявила роковую для атамана перспективу: вооруженная сила повстанцев распылилась без определения направления главного удара, растворилась в огромном пространстве Украины. Повстанцы наводнили огромный регион от Днестра до Днепра, от Черного моря до окрестностей Киева. Григорьев переоценил собственные возможности стратега и политика. Он оказался бездарным полководцем и политиком, не сумевшим ни спланировать военную операцию, ни предвидеть последствия своих действий. Через пять дней его наступление выдохлось. Среди повстанцев Григорьева нарастал процесс внутреннего разложения.