Лекции начинались с 9 часов утра и продолжались до 1 3
/4 часа дня и затем от 3 до 4 часов. Читалась каждая лекция один час с четвертью. На младшем курсе преподавались логика, психология, история философии, словесность, гражданская история общая, гражданская история русская, математика, физика, а из богословских предметов – Св. Писание и патристика. Из языков – греческий, латинский, немецкий, французский – обязательные для всех студентов и английский – необязательный. Вскоре «академики» уразумели плюсы и минусы учебной жизни, где главным были успехи в деле сочинения множества письменных работ, включая и подготовку самостоятельных проповедей. Они «поднимали» или «опускали» студента по шкале успеваемости. А потому студенты посещали лишь лекции любимых и интересных для них преподавателей. У других или сидели в классе, занимаясь в это время чем попало, или скрывались в так называемых катакомбах – хлебопекарне и иных подобных местах, куда инспектор, проверяя наполняемость классов, почти не заглядывал. Отчет в усвоении лекционного курса студенты давали на экзаменах два раза в год – рождественских и перед летними каникулами. Экзамены велись так же, как в семинариях, т. е. спрашивали не каждого студента по каждому предмету, а одного – по одному, следующего – по другому. Но эти ответы не особенно ценились, главными были сочинения, не менее четырех за год!Каждый день, кроме канунов и утра праздников, полагались вечерние и утренние молитвы, которые совершались в академическом храме, с обязательным на них присутствием всех студентов и инспектора или его помощника. Посещение богослужений в воскресные и праздничные дни так же было обязательно для всех студентов, причем они должны были стоять рядами, студенты старшего курса – на правой стороне, младшего – на левой. Даже в столовую они должны были идти попарно, не ранее звонка и прибытия помощника инспектора, который ходил по столовой в течение всего обеда и ужина, наблюдая за порядком. Утром, после молитвы, в 8 часов, и вечером в 4 часа полагался чай с сахаром и булкой.
Покидать Академию и уходить в город можно было только два раза в неделю – в воскресенье и четверг. Причем каждый уходящий обязан был записываться в особую книгу с указанием зачем и куда намерен отправиться. По возвращении из города студенты со своими отпускными билетами должны были являться к инспектору, к 9 часам вечера. В 11 часов запирались все комнаты, кроме спален. Правда, такие строгости царили преимущественно на младших курсах. По мере «роста» порядкового номера курса исчезали и сложности академической жизни. На старшем курсе преподавались догматическое богословие, нравственное богословие, обличительное богословие, история и обличение русского раскола, церковная история древняя, церковная история новая, русская церковная история, литургика, церковное законоведение, гомилетика, греческий язык, еврейский и новые языки.
Ивану Страгородскому, как и всем тогдашним студентам, повезло с инспектором и ректором Академии, которым в 1885–1892 гг. был архимандрит, а с 1887 г. епископ Антоний (Вадковский). В его времена студенты активно «пошли в народ», положив начало устройству внебогослужебных собеседований от «Общества распространения религиозно-нравственного просвещения в духе православной церкви» на рабочих окраинах столицы. Ректор, стремясь быть ближе к своим ученикам, завел богословские собеседования в своей квартире, приглашая не только студентов, но и преподавателей.
В то время учебный план Академии включал предметы двух отделений – исторического и литературного. Студент Страгородский взял для изучения предметы исторического отделения, дополнительно записавшись на курсы иностранных языков: английского, немецкого и древнееврейского. Обладая хорошим голосом, почти ежедневно участвовал в богослужении в академическом храме. Для самообразования студент Страгородский занялся изучением текста и толкования Священного Писания и святоотеческой литературы. Очень скоро Иван стал выделяться среди студентов своими незаурядными познаниями, его курсовые сочинения отличались глубиной мысли и эрудицией. Светские удовольствия, которым отдавали дань многие его товарищи, Страгородского не интересовали, зато он неизменно присутствовал на ежедневных академических богослужениях.
Один из сокурсников Ивана Страгородского, в последующем архиепископ Варфоломей (Городцев) вспоминал: