Великая Отечественная война потребовала мобилизации не только всех организационных, финансовых, материальных ресурсов, но и ресурсов моральных, духовных, патриотических. Для партийно-советского руководства еще со времен Всесоюзной переписи 1937 г. не было секретом, что значительная часть населения Советского Союза относила себя к категории верующих. В первые же месяцы войны выявилась неправильность и пагубность сформировавшейся в 1930-х гг. государственной политики в отношении религии и церкви. Иллюзии об успешном и повсеместном «преодолении» религии и о победе «безбожного движения» рассеялись, уступив место правде жизни – в стране насчитывались миллионы верующих, которые были несправедливо ограничены в возможностях свободно и открыто удовлетворять свои религиозные потребности. Существенным потенциалом влияния на эту категорию граждан могли быть действовавшие в стране религиозные организации и духовенство различных конфессий.
Молчаливое признание этого факта содержится в позиции государства, которое в течение первых двух военных лет фактически заняло позицию невмешательства в церковную жизнь страны. В результате разрешались общецерковные сборы средств и внекультовая деятельность; не чинились препятствия массовым богослужениям и церемониям; возобновлялась издательская деятельность церквей; признавались де-факто религиозные центры, и им разрешалось устанавливать связи с зарубежными религиозными организациями.
Впервые после двадцатилетнего перерыва в различных районах Советского Союза, хотя и без юридического оформления, но начали открываться церкви и молитвенные здания. К примеру, в 14 районах Ярославской области в 1942–1943 гг. стала функционировать 51 православная церковь, бо́льшая часть из них была закрыта в предвоенное время в административном порядке, без принятия соответствующих правовых решений, хотя ключи от зданий оставались в руках верующих.
На страницах официальной прессы (партийной и советской) появляются статьи о патриотической деятельности Православной церкви, а затем и обо всех других конфессиях, действовавших в СССР. В кинохронику, показываемую на фронте и в тылу, включались кадры церковных служб, обращения к бойцам Красной армии духовенства, крестные ходы, встречи верующими и духовенством с иконами советских солдат-освободителей.
Постепенно менялась и направленность деятельности авангарда антирелигиозного движения – Союза воинствующих безбожников. Если в первые месяцы войны функционеры-безбожники шлют в Москву панические сообщения о «реакционной деятельности духовенства и сект», то вскоре они перестают «пугать» власти «происками религий и церквей», и включаются в общую патриотическую работу, помогая верующим и духовенству в организации денежных и иных сборов в Фонд обороны страны. В лекционной работе уходит в прошлое антирелигиозная конфронтационная тематика, уступая место сообщениям о патриотической деятельности религиозных объединений и верующих, об отношении фашистов к религиям народов Советского Союза, о положении религий и церквей в странах антигитлеровской коалиции.
Абсолютное большинство религиозных организаций в Советском Союзе заняли патриотическую позицию и призывали свою паству к защите Отечества. Общим было и осуждение тех служителей культа, которые осознанно перешли на сторону врага, добровольно стали орудием идеологической пропаганды, помогая насаждать «новый порядок» на оккупированной советской территории.