Вне всякого сомнения можно сказать, что жизнь протоиерея Философа Николаевича Орнатского – это яркий пример подражания доброму кронштадтскому пастырю «и в вере, и в благочестии, и в труде, и в терпении и во всем…» Отец Философ воистину шел путем отца Иоанна. Он воистину был одним из тех духовных вождей народа, которых Господь наш Иисус Христос называет солью земли и светом мира (Мф. 5, 13, 14).
Глубочайшая молитвенная связь соединяла отца Философа с его великим духовным наставником и после блаженной кончины батюшки Иоанна Кронштадтского. Само надгробное слово отца Философа было как бы высокой молитвой, а после Божественной литургии началось отпевание по чину погребения священников, во время которого канон читал протоиерей Философ Орнатский.
В девятый и сороковой дни по кончине великого кронштадтского молитвенника мы видим отца Философа в числе священников, совершавших ранние Литургии и панихиды в храме-усыпальнице батюшки Иоанна. Известно, что отец Философ, ежедневно и с любовью поминавший своего наставника, восходил затем к нему мысленно, духом, испрашивая совета и помощи в своем служении. Несомненно, что кронштадтский пастырь, также как и святой Серафим Саровский, соделался для отца Философа небесным наставником и ходатайствовал о нем пред Престолом Всевышнего.
Во славу Божию и в знамение благоговейной памяти о батюшке Иоанне непрестанно творил отец Философ многие добрые дела. В 1909 году под его непосредственным руководством было закончено устройство домовых церквей в проповедническом пункте Общества распространения религиозно-нравственного просвещения при городских скотобойнях на Забалканском проспекте, 67 и при Спасском отделении Александро-Невского общества трезвости; в подклете Воскресенского каменного храма была размещена и начала действовать еще одна хорошо оборудованная типография; при храме во имя преподобного Серафима Саровского в селе Александровском за Невской заставой было закончено сооружение благоустроенного дома, где разместились школы и два приюта – для детей и для взрослых; при Предтеченском храме начали действовать миссионерские курсы и были устроены вечерние рукодельные классы; был исходатайствован безплатный проезд по всем казенным железным дорогам книгоношам Общества религиозно-нравственного просвещения, доставлявшим душеполезную литературу в самые отдаленные уголки Российской Империи; получено Высочайшее разрешение на всероссийский сбор для окончательной достройки и благоукрашения Воскресенского каменного храма.
По-прежнему особое внимание уделял отец Философ делу издания творений отца Иоанна Кронштадтского. За полтора месяца до блаженной кончины дивный пастырь передал отцу Философу свои дневники за 1907–1908 годы. Этот сборник молитвенно-вдохновенных мыслей батюшки Иоанна был издан под названием «Живой колос с духовной нивы» и поднесен Государю Императору Николаю Александровичу через Обер-прокурора Святейшего Синода С. М. Лукьянова, который вскоре писал отцу Философу: