Участники Четвёртого крестового похода так и не отплыли в Палестину. Вместо этого они остались в Константинополе, основав новую латинскую империю, которую назвали Романия. Подражая византийской практике, её первый суверен Бодуэн Фландрский 16 мая 1204 года надел украшенное драгоценными камнями облачение императора и был помазан на правление в монументальной базилике Святой Софии — духовном центре греческого православного христианства. А по другую сторону Босфора — в Малой Азии — уцелевшая греческая аристократия создала собственную империю — в Никее — и стала ждать возможности отмщения.
И современники, и учёные нашего времени задавались вопросом, что подвигло участников Четвёртого крестового похода направиться к древней столице Византийской империи. Было выдвинуто предположение, что отклонение от маршрута было выражением растущего недоверия и антипатии, свойственных отношениям между крестоносцами и Византией в XII веке. Всё же некоторые участники Второго крестового похода обдумывали возможность нападения на греческую столицу, а во время Третьего крестового похода был насильственно захвачен Кипр, византийский протекторат. Некоторые авторы даже намекали, что экспедиция в действительности была частью сложного антигреческого заговора, и захват Константинополя с самого начала был тщательно спланированной намеченной целью. Это представляется маловероятным, поскольку всё предприятие с самого начала характеризовалось явным отсутствием эффективной организации.
На самом деле Крестовый поход был пущен по этому курсу плохо подготовленным договором с Венецией и почти наверняка дошёл до стен Константинополя благодаря череде незапланированных прагматических решений и общих отклонений. Возможно, речь не шла о претворении грандиозного плана, но вместе с тем нельзя утверждать, что кровавый захват Константинополя латинянами не устраивал венецианцев и не содействовал амбициозным желаниям некоторых лидеров крестоносцев.
Экспедиция также подтвердила полный провал проекта «папского Крестового похода», так долго вынашиваемого Иннокентием III. События показали, что Иннокентий был не в состоянии навязать свою волю из Рима. В июне 1203 года, узнав об изменении маршрута Крестового похода и его движении к Константинополю, Иннокентий написал его лидерам и строго запретил нападать на христианскую столицу, однако на его запрет не обратили внимания. Затем в какой-то из периодов до ноября 1204 года Иннокентий получил письмо от нового латинского императора Бодуэна, возвещающее о захвате византийской столицы. Послание Бодуэна, очевидно, содержало изрядно облагороженную версию событий и представляло захват как величайший триумф христианства. Несмотря на прежние опасения, папа сначала возликовал. Создавалось впечатление, что по воле всемогущего Господа восточная и западная церкви теперь объединились под римским правлением и что с основанием новой латинской империи левантийские крестоносные государства теперь получат свежую помощь и активную поддержку. Только позднее он узнал подробности о кровожадной алчности, проявленной крестоносцами при захвате Константинополя, и его радость сменилась отвращением и презрением. Он отозвал своё первоначальное одобрение и назвал исход экспедиции позорной карикатурой[337].
Иннокентий был потрясён тем, что Четвёртый крестовый поход вышел из-под контроля, но довольно скоро его внутренний прагматизм и природный оптимизм вернули ему интерес к использованию могучей силы священной войны. В ходе следующего десятилетия он систематически делал попытки использовать и контролировать крестоносное движение. Однако в этот период он перенаправил оружие папской политики на новые театры военных действий против других врагов. Частично это было ответом на возникающие угрозы; таким образом, были направлены экспедиции против ливов, живших в Прибалтике, и против альмохадов — мавров Испании. Несмотря на неприятие обстоятельств формирования новой латинской империи, Иннокентий не мог не признать, что ей необходима защита, чтобы она смогла сыграть сколь бы то ни было значимую роль в борьбе за возвращение Святой земли. Таким образом, он поддержал намерение других крестоносцев укрепить Константинополь. Папа также сделал вывод, что Крестовые походы могут сыграть прямую и важную роль в его стремлении очистить Западную Европу. В 1209 году он организовал так называемый Альбигойский Крестовый поход против еретиков-катаров, живших в Юго-Восточной Франции, однако последовавшая кампания оказалась шокирующе жестокой и по большей части неэффективной, поскольку была подчинена своекорыстному стяжательству участников из Северной Франции.