7 сентября «Чрезвычайная следственная комиссия» составила так называемое заключительное постановление, подписанное эсерами — председателем М. Васиным и его заместителем Л. Далиным. Решено было привлечь к ответственности руководителей Бакинской коммуны С. Шаумяна, Г. Корганова, М. Когапова, П. Джапаридзе, А. Костандяна, С. Осепяица, Ионесянца, А. Амирова, В. Полухина, А. Тер-Саакянца, А. Нуриджаняна и Г. Петрова.
И сентября 1918 г. бакинская «Чрезвычайная следственная комиссия» передала дело об арестованных большевиках военно-следственной комиссии для предания их военно-полевому суду, специально созданному для расправы над большевиками.
Но суда не последовало. 14 сентября 1918 г. турецкие войска и отряды мусаватистов перешли в наступление. Англичане поспешили оставить Баку. Началась эвакуация города.
Об эвакуации арестованных большевиков «правительство» и не подумало. Бывший товарищ председателя «Чрезвычайной следственной комиссии» эсер Л. Далин позже показывал, что никаких распоряжений относительно арестованных большевиков он не получал. «Участь заключенных большевиков, очевидно, была Диктатурой решена — оставить их на растерзание туркам и мусаватистам…»
Ввиду нависшей над арестованными смертельной угрозы большевистская организация Баку решила насильственно освободить арестованных и создала для этого небольшой вооруженный отряд во главе с сыном Степана Шаумяна — Суреном. 14 сентября член городского комитета большевистской партии и член Бакинского Совета А. И. Микоян по поручению организации в последний раз потребовал от властей «Диктатуры» немедленно освободить арестованных, которым грозила гибель от наступающих турок и мусаватистов.
Власти разрешили А. И. Микояну вывезти арестованных из Баку. Пробираясь под обстрелом в город, арестованные вместе с конвоем встретили командира партизанского отряда Татевоса Амирова, сочувственно относившегося к большевикам, и тот предложил Шаумяну и его товарищам погрузиться на пароход «Туркмен», предоставленный для эвакуации его отряда. Комиссары, а также прибывшие на пристань члены их семей, А. И. Микоян и некоторые другие большевики разместились на пароходе «Туркмен», который вскоре вышел в море. Таким образом, арестованные фактически оказались на свободе.
В пути С. Шаумян договорился с капитаном, что пароход пойдет в Астрахань, которая находилась в руках большевиков. Но на пароходе оказались сторонники «Диктатуры» и два английских офицера, бежавшие из Баку. Не согласился с решением капитана парохода идти в Астрахань и судовой комитет. И судно пошло в Красноводск, где правили эсеровский, так называемый «стачечный комитет», подчиненный «Закаспийскому правительству» в Ашхабаде, и английские оккупанты.
Вечером 16 сентября пароход пришел в Красноводск. Здесь его встретили представители «стачкома». Выяснив, кто прибыл на пароходе, они приказали капитану поставить до утра пароход «на карантин». 17 сентября к моменту выгрузки на пристань Уфра были стянуты: туркменская рота, эсеровская вооруженная дружина, милиционеры с начальником милиции Ф. Алания во главе и английская артиллерия. Красноводские «власти» обыскивали прибывших на пароходе и задержали бакинских комиссаров по доносам предателей — некоего Лалаева, механика парохода, адъютанта отряда Амирова Гегомяна и двух английских офицеров. Всего было задержано 35 человек, в том числе родственники комиссаров, А. И. Микоян, командир отряда Амиров, помогавший большевикам эвакуироваться из Баку, и некоторые другие лица.
Комиссары заявили протест. С. Шаумян, П. Джапаридзе, И. Фиолетов, Я. Зевин, Г. Корганов и Г. Петров по уполномочию всех задержанных 17 сентября составили радиограмму в адрес правительства «Диктатуры Центрокаспия», которое после эвакуации из Баку находилось в Петровске (ныне Махачкала). В радиограмме содержалась просьба подтвердить красноводским властям, что они были освобождены из Бакинской тюрьмы и выехали из Баку по распоряжению «Диктатуры» и поэтому не являются беглецами. В другом заявлении на имя красноводских властей комиссары протестовали против каторжного тюремного режима, установленного для них. Председатель «стачечного комитета» английский агент В. Г. Кун наложил на заявление такую издевательскую резолюцию: «Начальнику административного отдела: 1) объявить заключенным, что тюрьма не для комфорта, 2) можно просить, но не требовать. Вообще укажите заключенным побольше думать и поменьше писать».
О задержании бакинских комиссаров Кун сообщил по прямому проводу председателю ашхабадского «Закаспийского правительства» эсеру Ф. А. Фунтикову и в Петровск — «главнокомандующему» войсками бакинской «Диктатуры Центрокаспия» Л. Бичерахову. При этом он высказал мнение, что задержанных следует предать военно-полевому суду. Бичерахов ответил: «Одобряю ваши действия, направленные к аресту бакинских комиссаров. Предложение ваше о предании их военно-полевому суду разделяю. Мнение мое поддерживает исполнительный комитет «Диктатуры Центрокаспия»».