Сегодня, когда «Эль-Каэда» известна всему миру, этому названию придают многозначительный характер, усматривая в нем символ Международного исламистского террористического интернационала. Это менее вероятно. Скорее всего, бин-Ладен изначально придавал названию вполне конкретный смысл, соответствующий функции создаваемой структуры. Арабское слово «'ка'эда» можно трактовать как «база» или «первое пристанище». Таковым «Эль-Каэда» изначально и являлась — бюрократической и гуманитарной организацией, регистрирующей вновь прибывших волонтеров.[71]
Однако уже вскоре функции «Эль-Каэды» были значительно расширены, и через нее стала осуществляться вербовка добровольцев. Не осталось в стороне правительство Саудовской Аравии, способствовавшее значительному снижению цен на авиабилеты до Пакистана для лиц, зарегистрированных при посредничестве «Эль-Каэды». К концу войны все прибывшие в Пакистан добровольцы прошли через эту организацию.«Эль-Каэда» вступила в острый конфликт с бывшим соратником бин-Ладена шейхом Абдаллой Азамом, который первым создал организацию по вербовке «арабских афганцев» и в течение ряда лет считался здесь признанным лидером. Вытеснение его «Эль-Каэдой» ставило под вопрос ведущую роль шейха в сопротивлении в целом (трудно сказать, насколько бин-Ладен добивался этого, но получилось именно так). В свою поддержку палестинский шейх Абдалла даже призвал специалистов по шариатскому праву. Здесь было к чему придраться. По шариатскому праву, для создания любой исламской структуры требуется созыв совета, который должен выбрать эмира. Все эти правила были проигнорированы при создании «Эль-Каэды», что могло иметь серьезные последствия — «Эль-Каэда» могла быть объявлена вне закона. Осаме бин-Ладену при поддержке Аймана аль-Завахири пришлось немало потрудиться, чтобы отстоять право своего детища на существование. Ему помогли связи и авторитет внутри афганского сопротивления и поддержка египетских и алжирских исламистов, которые к моменту тяжбы успели повоевать в Афганистане и сейчас воспользовались своими боевыми заслугами, чтобы решить спор в пользу бин-Ладена. Так «Эль-Каэда» — теперь самая могущественная террористическая организация в мире — начала свое существование.
В 1989 году Михаил Горбачев положил конец советскому присутствию в Афганистане, 13 февраля 1989 года главнокомандующий Ограниченным контингентом Советской Армии генерал-майор Борис Громов последним пересек мост через реку Пяндж. Тем не менее мир на афганской земле не наступил, страну захлестнул хаос. Произвол безвластия и клановая борьба были ничуть не лучше времени оккупации. Бои продолжались с не меньшим ожесточением, уже без участия советских войск. Правительственная прокоммунистическая армия, укрепившаяся в Джелалабаде, была еще достаточно сильна, в наследство от Советской Армии ей досталось огромное количество нового оружия и боеприпасов. Летом 1989 года моджахеды предприняли поход на Джелалабад. Эта операция афганских моджахедов и «афганских арабов», поощряемая Пакистаном и Соединенными Штатами, закончилась полным провалом и огромными потерями. Осама бин-Ладен в составе пакистанских «технических» советников принял участие в ночном бою за аэропорт Джелалабада. В том бою он получил серьезное ранение и стал носителем «значка моджахедов», который вручается особо отличившемуся воину. С тех пор он стал сравнивать себя с Саладдином.[72]
(Примечательно, что спустя несколько лет Саддам Хусейн также объявит себя «вторым Саладдином»). После многодневных кровопролитных боев в июне 1989 года Джелалабад пал. Это положило конец почти десятилетней войне в Афганистане.