• Шариа, или Политический комитет, — отвечает за издание «фетв» — постановлений, основанных на толковании Корана, обосновывает практическую политику «Эль-Каэды», вплоть до физического устранения политических, военных и иных лиц.
• Военный комитет — включает в себя два подкомитета: подкомитет по планированию операций, осуществляющий выбор мишени террора, разработку и проведение террористических операций; подкомитет управления лагерями обучения, осуществляющий отбор и обучение новых членов организации.
• Финансовый комите — отвечает за сбор средств, финансирование тренировочных лагерей, оплату расходов организации, включая укрывательство активистов и финансирование проведения террористических акций.
• Иностранный комитет закупок — отвечает за приобретение оружия, взрывчатых веществ и специального оборудования.
• Комитет безопасности — отвечает за физическую защиту членов организации, сбор разведывательной информации, контрразведку, вербовку новых членов организации, создание международной агентуры в различных частях света и поддержание с ними связи.
• Комитет информации — политотдел, отвечающий за пропагандистскую работу.
Во главе Военного комитета стал старый сподвижник бин-Ладена, один из самых приближенных к нему людей Мохаммед Атеф. Именно он, а не только, как принято считать, бин-Ладен, был непосредственным руководителем всех террористических операций «Эль-Каэды». Мохаммед Атеф фактически являлся военным руководителем организации. Этот тихий, набожный человек, судя по показаниям захваченных боевиков, был «мозговым центром» по подготовке террористических актов «Эль-Каэды» и контролировал нити, ведущие к законспирированным террористическим ячейкам, разбросанным по всему миру.
Особое место в структуре «Эль-Каэды» принадлежаломобильным боевым отрядам так называемой Исламской армии. Именно ей отводилась роль непосредственного исполнителя террористических акций. Структура Исламской армии состояла из отдельных, никак не связанных между собой небольших групп (ячеек). Такие ячейки разбросаны повсему миру и могут годами находиться в «законсервированном состоянии», не проявляя никакой активности. Как правило, действия групп имеют одноразовый характер и состоят главным образом из террористов-самоубийц («шахидов»). До назначенного часа «законсервированные» боевики не должны выделяться среди обычных, законопослушных граждан, им запрещалось участие в политической и общественной жизни, высказывание своих политических и религиозных взглядов, проявление повышенного интереса к процессам, происходящим в стране, — цели будущего теракта. Эти люди незаметно растворялись в массе иммигрантов из ближневосточных стран, оседавших в Европе и Северной Америке, готовы были терпеливо ждать приказа и выполнить его.
Перебежчик «Эль-Каэды», бывший близким соратником бин-Ладена, показал, что активность «Эль-Каэды» в так называемом восточноафриканском регионе Судан — Йемен — Сомали (иное название — Террористический треугольник Красного моря) была результатом тщательно разработанной стратегии. Регион находился в состоянии военных конфликтов, центральная власть была слаба и коррумпирована, силовые структуры деморализованы. С другой строны, геостратегическая важность региона была очевидной. Достигнув успеха, «Эль-Каэда» должна была выйти на лидирующие позиции с тем, чтобы участвовать в дальнейшем перераспределении власти. В лагерях «Эль-Каэды» развернулась работа по военной подготовке черных исламистов. Наряду с формированием собственных структур «Эль-Каэда» налаживала контакты с многочисленными, но разрозненными террористическими и партизанскими движениями и ячейками. В них не было недостатка во всех мусульманских странах — в Египте, Ливии, Саудовской Аравии, Омане, Тунисе, Алжире, Ираке, Сомали, Иордании, Ливане, Марокко, режимы некоторых из этих стран с пониманием относились к деятельности бин-Ладена и не отказывали ему в поддержке. Не везде все шло гладко, но в большинстве случаев удавалось договориться, и «Эль-Каэда» постепенно приобретала известность и авторитет координационного центра радикального исламизма. За этим просматривались будущие контуры единого Арабского Халифата во главе с Многонациональным советом, определяющим выбор первоочередного врага, распределение финансов, стратегию операций, политическое закрепление результатов террора.