Это был первый в истории Западной Германии процесс над террористами, и немецкая Фемида оказалась неопытной и растерянной. Подсудимые вели себя довольно нагло и сумели извлечь из процесса пропагандистскую выгоду. Большое общественное внимание к процессу обеспечило им известность, пресса, жадно следящая заходом суда, тиражировала их политические заявления и выступления. Эпатаж обывателя сочетался с революционной романтикой. В глазах части западногерманской молодежи и некоторых интеллектуалов они стали героями, достойными подражания.
На первое судебное заседание все четверо обвиняемых явились в состоянии сильного опьянения. Они смеялись, громко переговаривались и обнимали друг друга, развалившись на скамье подсудимых, как в пивном баре. Суд они демонстративно игнорировали и отказывались отвечать на вопросы. Гудрун Энсслин заявила, что, поскольку суд является частью порочной западногерманской системы, они не испытывают к нему уважения и не признают его процедуру и решение. Гудрун была возбуждена и кричала. Поджог магазинов является делом их рук. Их поступок является политическим актом, вызовом обществу угнетения и несправедливости. «Мы зажгли факел в честь Вьетнама!» — гордо заявила она. Строгой логики в ее высказываниях не было, Гудрун рассчитывала на вдохновение, противореча самой себе, но держалась вызывающе. Она удивила присутствующих, когда призналась в том, что поджог стал «…ошибкой, ошибкой… однако это я буду обсуждать с другими, а не с вами…».
Андреас Баадер также не признал себя виновным. Заявляя о неправомочности суда, Баадер заявил, что система вынесла им обвинительный приговор еще до начала суда, а все происходящее в зале является фарсом, в котором они не намерены участвовать. «Это гнилая система правосудия подвергается суду, а не мы!» — такова была его позиция. Он вслед за Энсслин обратил внимание на особенности проведения операции. «Мы действовали так, чтобы не подвергать опасности человеческую жизнь».
Энсслин и Баадер взяли на себя всю ответственность за организацию и проведение поджогов и настаивали на полной невиновности Пролла и Зунлейна. Они заявили, что те не только не принимали никакого участия в терактах, но ничего не знали о содержимом пакетов с бомбами. Несмотря на настойчивость главных обвиняемых, суд отказался принять к сведению их признательные заявления и оставил Пролла и Зунлейна на скамье подсудимых.
К процессу было приковано внимание всей Западной Германии. Тогда еще трудно было представить, что это само по себе значительное событие знаменует важную веху в истории страны. С этого времени терроризм стал реальностью. Это можно было предугадать по общественным настроениям, проявившимся в ходе процесса. У подсудимых оказалось немалое число сочувствующих. Большая часть левой прессы выступила с осуждением насилия, тем не менее признавая за поджигателями гражданскую позицию и отстаивая их право на диалоге властью. Но проявились и более радикальные настроения — действия поджигателей рассматривались как героические и заслуживающие подражания.
Хорст Малер, следуя стратегии зашиты, выстроенной им самим, пытался изменить характер процесса, сделать его из уголовного политическим, актом гражданского неповиновения во имя высокой цели. Если безрезультатно исчерпаны все другие средства убеждения, гражданин имеет не только право, но и обязанность привлечь внимание общества к его насущным проблемам. Поджог является фактом социальной борьбы двух противодействующих начал, и если рассматривать его в суде, то основным обвиняемым следует признать самую систему. Она толкнула обвиняемых на противоправный, но бескорыстный поступок во имя интересов всего общества.
Несмотря на доводы защиты, суд 31 октября 1968 года признал Андреаса Баадера, Гудрун Энсслин, Торвальда Пролла и Хорста Зунлейна виновными в преднамеренном поджоге, подвергшем опасности жизнь людей, и приговорил всех четверых к трем годам тюремного заключения. 13 июня 1969 года после 14-месячного пребывания в тюрьме вся четверка была временно выпущена на свободу. Освобождение стало возможным благодаря апелляции, поданной адвокатами в Федеральный Конституционный суд. Осужденные «под подписку» обязались не покидать пределов Западной Германии и вернуться в тюрьму, если апелляция будет отклонена. Иронию ситуации придавал тот факт, что осужденные обязывались использовать время пребывания на свободе для воспитательной работы с трудными подростками. Никаких реальных гарантий соблюдения условий освобождения не было и быть не могло. Из заявлений на суде было видно, что Баадер и Энсслин ничуть не раскаиваются в своих поступках и видят себя «солдатами революции». Теперь им представился случай бежать из вражеского плена.