Неожиданно дверь гаража распахнулась, оттуда появился Андреас Баадер с журналом в руках, в котором, как выяснилось позже, был спрятан пистолет. Полицейский снайпер, засевший в доме напротив, ранил Андреаса в бедро, и тот вновь укрылся в гараже. Последовала пауза, после которой с поднятыми над головой руками появился Мейнс. Полицейские приказали ему отойти от гаража подальше и раздеться до трусов. После того как в сложенной одежде не оказалось оружия и взрывчатки, полицейские скопом набросились на Мейнса. Задержание произошло с превышением необходимой силы. Вслед за этим был предпринят штурм гаража, на полу которого бойцы группы захвата нашли истекающего кровью Андреаса Баадера. У того не было сил сопротивляться, последнее, что он успел выкрикнуть полицейским: «Вы свиньи!»
Баадер и Мейнс под усиленной охраной некоторое время содержались в университетской больнице Франкфурта-на-Майнс. Несмотря на посулы, ни один из арестованных не стал сотрудничать с полицией и не дал никакой информации. Тем не менее аресты продолжались, это был настоящий разгром организации.
Спустя неделю после ареста Баадера была задержана его подруга Гудрун Энсслин. 7 июня 1972 года она совершала покупки в гамбургском салоне модной одежды «Linette». Одна из продавщиц магазина обратила внимание на оттопыривавшийся карман кофты Гудрун, угадала спрятанный пистолет и позвонила в полицию. Прибывшие сотрудники КРИПО опознали и задержали Энсслин. Еще через неделю, 15 июня 1972 года, в Ганновере была арестована Ульрика Майнхоф.
С арестом лидеров РАФ деятельность «Фракции Красной армии» не прекратилась. На смену «первому поколению РАФ», сформированному в основном из идейных сторонников насильственной антиимпериалистической революции, пришло «второе поколение». Эти «новые люди» не были отягощены революционными идеалами, действовали стихийно, анархически и в значительной степени дискредитировали цели движения. Как точно заметил немецкий публицист и коммунист Н. Мадлох, «второе поколение РАФ состояло из подражателей, а не последователей…».[49]
Террор стал самоцелью, средством выживания организации. Действиями террористов «второго поколения» непосредственно руководили основатели РАФ, находившиеся в тюрьме. Через своих адвокатов, многие из которых были членами организации или сочувствующими, лидеры РАФ поддерживали связи со своими сообщниками, оставшимися на воле. Многие теракты, включая покушения и похищения видных общественных и государственных деятелей, политиков и бизнесменов, были спланированы Андреасом Баадером из его одиночной камеры в тюрьме «Швальмстадт». Следует подчерка нуть, что многие акции «второго поколения» террористов были направлены на освобождение своих товарищей из заключения или являлись актами возмездия за их гибель. В том, что политика шантажа и запугивания не дала результата, заслуга властей.Ввиду чрезвычайной опасности заключенных РАФ, для них были созданы особые условия содержания под стражей. Адвокаты заключенных неоднократно подавали жалобы в специальный комитет против пыток, классифицируя условия содержания как «изолирующую пытку». Несмотря на то что комитет поддержал ходатайство адвокатов, Федеральная судебная палата отказалась его удовлетворить, рассматривая предпринятые меры как необходимые ввиду крайней опасности, которую заключенные представляют для общества.[50]
Такие меры предосторожности были направлены на то, чтобы сломить заключенных, склонить их к сотрудничеству с властями. Не удается также отделаться от мысли, что жестокость в обращении с заключенными была вызвана мстительностью западногерманской Фемиды, по которой рафовцы наносили свои удары. После полугодового содержания в одиночной звуконепроницаемой камере Андреас Баадер согласился выступить на процессе по делу Хорста Малера в качестве свидетеля обвинения. В декабре 1972 года Баадер был доставлен в Западный Берлин, чтобы свидетельствовать на суде. Зал ломился от журналистов, желающих первыми сообщить о сенсационных разоблачениях и покаянных признаниях. Однако рафовцы, как им не раз удавалось ранее, и здесь обошли власти. Вызванный для дачи показаний, Андреас Баадер публично отказался свидетельствовать против своего товарища (несмотря на резкие разногласия между ними во время руководства РАФ по поводу стратегии организации) и, используя трибуну суда, объявил о начале бессрочной голодовки всех заключенных. Это был на редкость удачный ход. В тот же день новость разнеслась по Западной Германии, и призыв Баадера поддержали заключенные десяти тюрем, в которых содержались рафовцы.