21 декабря 1918 г. решением Дзержинского была распущена Всеукраинская ЧК и все местные ЧК подчинены и обязаны были руководствуются инструкциями и указаниями ВЧК, которая направила в Киев одного из членов Коллегии «для информации Совнаркома Украины и контроля за выполнением местными ЧК распоряжений Всероссийской Чрезвычайной комиссии»[484]
.Обострение классовой борьбы в 1918 г. потребовало улучшения координации деятельности и централизованного управления войск вспомогательного назначения: корпуса войск ВЧК, Продармии, железнодорожной охраны, войск судоохраны, охраны сахарного производства и др., которые состояли в распоряжении различных ведомств и учреждений (ВЧК, Наркомпрода, Наркомпути, Главвода, Главсахара и др.). Поэтому 1 января 1919 г. штаб корпуса войск ВЧК был переименован в штаб войск ВЧК, в феврале их численность составила 22 тыс. штыков и сабель. 12 марта 1919 г. Коллегия ВЧК утвердила Положение о войсках ВЧК и определила общую численность войск и губернских ЧК в 30 тысяч человек, из которых 10 тысяч должны были находиться на фронте.
Пребывание на Восточном фронте в январе 1919 г. по расследованию Пермской катастрофы убедило Дзержинского в необходимости слияния фронтовых и армейских ЧК с органами военной контрразведки (Военконтроль). Такой опыт он уже провел в 3-й армии. По согласованию с РВС Республики на базе Военного отдела ВЧК и Военного контроля был создан единый орган борьбы с контрреволюцией и шпионажем в армии и на флоте — Особый отдел ВЧК и особые отделы фронтов, армий, дивизий. 3 февраля 1919 г. Дзержинский подписал проект постановления об особых отделах ВЧК, а 6 февраля это постановление было принято ВЦИКом. В оперативном отношении особые отделы были подчинены ВЧК, а политическое руководство их деятельностью возложено на РВС и политотделы фронтов и армий.
Весной 1919 г. под руководством Дзержинского были реорганизованы транспортные органы ВЧК. Они изымались из подчинения губЧК, строились по экстерриториальному принципу с учетом структуры аппарата НКПС.
16 марта 1919 г. Дзержинский был назначен по совместительству народным комиссаром внутренних дел РСФСР, что было продиктовано необходимостью устранения возникавших между ВЧК и НКВД разногласий. Одновременно он остался на постах председателя ВЧК и председателя Военного совета войск ВОХР.
Активизация контрреволюция внутри страны весной 1919 г. потребовала усиления и укрепления вспомогательных войск (войска ВЧК, продовольственная армия, войска охраны железных дорог и водного транспорта, Главсахара, Центротекстиля), занятых охраной и обороной тыла, совершенствования их организации и органов управления. Встал вопрос о слиянии всех вспомогательных войсковых сил, подчинении их единому командованию.
19 мая 1919 г. на заседании Совета Рабоче-Крестьянской Обороны Дзержинский поставил вопрос об объединении всех внутренних войск. 26 мая 1919 Совет под председательством Ленина обсудил этот вопрос и решил образовать комиссию для выработки положения об объединении войск особого назначения. Через два дня Совет Рабоче-Крестьянской Обороны принял постановление, по которому с 1 июня 1919 г. все вспомогательные войска (особого назначения), за исключением войск железнодорожной и пограничной охраны, вошли в подчинение НКВД через Штаб войск ВЧК, который был переименован в Штаб войск внутренней охраны (ВОХР). Объединение войск специального назначения произошло на базе частей ВЧК. Общее руководство войсками возлагалось на начальника войск, который назначался по согласованию РВС Республики с ВЧК и утверждался СНК РСФСР. В составе войск ВОХР насчитывалось более 40 батальонов ВЧК. Они сохранили известную самостоятельность и оперативно подчинялись председателям губернских ЧК, а командиры бригад и секторов войск ВОХР могли их использовать только с ведома председателей ВЧК и местных ЧК.
24 июня 1919 г. объединенное заседание Политбюро и Оргбюро ЦК РКП (б) постановило: «Особые отделы реввоенсоветов армий подчиняются реввоенсоветам; заведующие ими назначаются реввоенсоветами по соглашению с ВЧК получают задания, и ЧК прифронтовых губерний — указания от особых отделов. Оргбюро совместно с т. Дзержинским поручается найти ответственных руководителей для Особого отдела ВЧК»[485]
.21 июля 1919 г. Дзержинский утвердил структуру войск внутренней охраны и штаты. Были сформированы бригады, полки, батальоны, эскадроны, батареи и команды различного назначения. Численность войск установлена в 120 тысяч человек. Вся территория страны разделена на 11 секторов по числу имевшихся в то время военных округов. Территория сектора, как правило, совпадала с территорией военного округа. В сектор входило несколько бригад по числу обслуживаемых ими губерний. Количество батальонов зависело от характера выполняемых задач. Войска каждого сектора возглавлял штаб.