В мае 1918 г. возникла конфликтная ситуация после распоряжения Дзержинского о расстреле двух бандитов, задержанных на месте преступления с оружием и взрывчаткой. 15 мая 1918 г. на экстренном заседании ВЧК было рассмотрено предложение Г.Д. Закса о выяснении отношения комиссии к этому «единоличному распоряжению». Комиссия постановила: «В случае, если при доставлении в комиссию задержанных сразу выясняется их принадлежность к бандитам, немедленно подвергнуть расстрелу по постановлению Особой комиссии. В случае отсутствия кого-либо из состава Особой комиссии предоставить право остальным ее членам приглашать для пополнения кого-либо из других членов Комиссии. В случаях разногласий передавать дело немедленно рассмотрению Комиссии или Бюро. Распоряжение Дзержинского одобрить»16
.В середине 1918 г. еще не был провозглашен красный террор, но право расстрела председатель ВЧК использовал по отношению, прежде всего к сотрудникам правоохранительных органов царской России. Как правило, на деле жандарма или полицейского стояла его резолюция «Расстрелять». Хотел он применить эту меру наказания и к Петроградскому градоначальнику Д.А. Сидорову, «но тот бежал во время расстрела»17
.19 августа 1918 г. Дзержинский предоставил право и более того, вменил в обязанность чекистам Лиде, Руденицкому и Попаровско-му в районе Перловки и Тайнинской «расстреливать по их распоряжению всех подозрительных, у которых будет обнаружено оружие, без разрешения»18
.После смертельного ранения эсерами 20 июня 1918 г. члена Президиума ВЦИК комиссара по делам печати Петроградского совета В. Володарского (Гольдштейна М.М.), убийства М.С. Урицкого и ранения В.И. Ленина большевики перешли к красному террору.
Декрет СНК о красном терроре был подписан 5 сентября 1918 г. народным комиссаром юстиции Д.И. Курским, народным комиссаром по внутренним делам Г.И. Петровским, управляющий делами СНК В. Д. Бонч-Бруевичем и секретарем Л .А. Фотиевой по докладу Ф.Э. Дзержинского о деятельности ВЧК.
В сложившихся условиях СНК считал, что «обеспечение тыла путем террора является прямой необходимостью, что для усиления деятельности Всероссийской Чрезвычайной комиссии по борьбе с контрреволюцией, спекуляцией и преступлением по должности и внесения в нее большей планомерности необходимо направить туда возможно большее число ответственных партийных товарищей; что необходимо обезопасить Советскую республику от классовых врагов путем изолирования их в концентрационных лагерях, что подлежат расстрелу все лица, прикосновенные к белогвардейским организациям, заговорам и мятежам, что необходимо опубликовывать имена всех расстрелянных, а также основания применения к ним этой меры»19
.В последующем, 17 февраля 1919 г., обосновывая необходимость красного террора, Дзержинский говорил на заседании ВЦИК: «Красный террор был не чем иным, как выражением воли беднейшего крестьянства и пролетариата - уничтожить всякие попытки восстания и победить. И эта воля была проявлена. И вот краткий период этого красного террора обнаружил, что в самой России нет другой силы, кроме силы рабочих и беднейших крестьян и их партии — партии большевиков, что нет той группы, что нет той партии и нет того класса, которые могли бы взять власть в России, кроме них. Красный террор победил, показав эту силу. Это было тем условием, при наличии которого можно было влить надежду и уверенность победы в сердца тех, которые среди нас самих, может быть, сомневались в успехе борьбы нашей, и доказать загранице, что силы наши неисчерпаемы»20
.Во время красного террора Дзержинский лично проводил следствие и выносил приговор. Так, 10-14, 19, 21 сентября 1918 г. им были приняты решения по судьбе 105 человек, при этом освобожден 41 человек, направлено на доследование 15 дел, передано в народный суд- 2, в ревтрибунал- 1, оставлен заложником - 1, отправлены в концлагерь-26, расстреляно-17, выслан на родину-1, оштрафован-1 человек21
.19 сентября 1918 г. Дзержинский подписал «Инструкцию ВЧК о работе местных чрезвычайных комиссий», которой основной задачей ЧК определил беспощадную борьбу с контрреволюцией. Он предложил все дела, по которым закончено следствие, ликвидировать самой комиссии, за исключением дел, относительно которых будет вынесено особое постановление комиссии о их передаче в другие инстанции: революционный трибунал, Верховный и местные, народные суды и т. п.; из преступлений по должности ЧК должны принимать к рассмотрению только дела особой важности, представляющие опасность для Советской республики. Все остальные - передаются ими в народные суды и революционные трибуналы22
.