Как уже упоминалось, вскрытие саркофага царевича Ивана показало, что «соответственно месторасположению черепа в саркофаге обнаружены только части нижней челюсти, серо-белая порошкообразная масса, в которую превратились остальные кости черепа, мозг и мягкие ткани головы. Шейные позвонки, левая ключица, рукоятка грудины и левая малая берцовая кость представляли собой легко крошащуюся серо-буроватую массу. Головка левой плечевой кости была отделена от ее тела, на границе отделения — крошащаяся серо-беловатая масса. Ребра состояли из фрагментов черно-бурого цвет».
Останки царя Федора Ивановича также сохранились плохо: «От черепа остались лишь часть лицевого скелета и свода. Ключицы, лопатки, ребра, грудные позвонки, кости верхних конечностей и таза — серо-бурого цвета, легко крошатся».
В то же время: «Кости скелета Ивана Грозного были в основном расположены правильно. Череп слегка повернут влево, основание его и правая височная кость были очень хрупкие, легко крошащиеся. Череп небольших размеров с сильно развитым рельефом, довольно низким лбом, выступающими надбровьем и подбородком. Кости правого предплечья располагались необычно. Они были согнуты в области локтевого сустава таким образом, что концевые фаланги кисти как бы соприкасались с нижней челюстью. Кости левого предплечья располагались в поперечном направлении в нижней части грудной клетки. Анатомически правильное положение костей левой стопы было нарушено, они были разрознены, что связано, по-видимому, с попыткой проникнуть в саркофаг во время ремонтных работ в начале XX в. Кости скелета имели желто-буроватый оттенок, сравнительно хорошо сохранились, на поверхности их, особенно в области позвонков, имелись отложения мелких кристаллов солей. Обращало на себя внимание наличие на костях резко выраженных костных наростов — остеофитов. Хорошо сохранились ногти в виде валикообразных изогнутых пластин грязно-буроватого цвета с отложением мелких блестящих кристаллов солей. Судя по скелету, Иван Грозный обладал значительной физической силой, рост его был около 178–179 см. Каких-либо патологических изменений и следов механических повреждений на костях обнаружено не было».
Достаточно хорошая сохранность костей черепа позволила видному русскому ученому Герасимову М.М., участвовавшему в работе комиссии, на основе разработанного им метода реконструкции воссоздать портрет царя Ивана Грозного.
«Аицо его было волевое, слегка удлиненное, нос «протяговен» с небольшой горбинкой, сравнительно небольшой рот, высокий лоб, большие глаза и слегка выступающая вперед нижняя челюсть. Полотна Репина, Шварца, скульптура Антокольского и прочих «художни-ков-реалистов» совершенно не соответствуют его истинному облику. Черты динарского типа, характерного для южных и западных славян, государь унаследовал от бабушки-сербки Анны. Кроме того, среди предков его матери Елены Глинской по мужской линии были белорусы. Но более всего царь Иоанн Васильевич походил на свою другую бабушку царицу Софью Палеолог, череп которой также в свое время обследовался специалистами судебной медицины и антропологами и по множественным признакам был однозначно идентифицирован как череп, имеющий близкую родственную связь с черепом царя Иоанна Васильевича».
Если учесть, что все три саркофага (князь Скопин-Шуйский похоронен в другом приделе) находятся в одном месте — дьяконнике Архангельского собора, и захоронения были сделаны практически в одно время (1581, 1584 и 1598 — разброс незначительный для периода в 400 лет), то сохранность царских останков просто поразительна. Хорошо сохранился даже щитовидный хрящ гортани, что дало ученым основание отказаться от версии об удушении царя. Царь Иоанн Васильевич был похоронен в схиме, которая частично сохранилась, лучше всего вокруг головы и на груди. Параманд (деталь монашеского облачения; четырехугольный плат с изображением восьмиконечного креста на подножии орудий страстей и черепа Адама, носимый монахами на груди. Обозначает тот крест, который берет на себя инок, следуя за Спасителем. — Ред.) был покрыт вышивкой, изображавшей голгофское распятие.
Еще одна важная особенность царского захоронения — расположение костей правой руки: «Кости правого предплечья располагались необычно. Они были согнуты в области локтевого сустава таким образом, что концевые фаланги кисти как бы соприкасались с нижней челюстью». Если взглянуть на фотографию мощей, то отчетливо видно: царь-схимник Иона поднял десницу в благословляющем жесте! Подобное не часто, но встречалось в церковной истории. Например, при вскрытии мощей св. княгини Анны Кашинской в XVII веке было обнаружено, что ее рука также поднята.