При этом СССР, идя навстречу пожеланиям Японии и учитывая интересы японского государства, согласился передать Японии острова Хабомаи и Шикотан с тем, однако, что фактическая передача этих островов Японии будет произведена после заключения мирного договора между Японией и СССР». Хрущев заявил, что советская сторона в общем согласна с предложенным вариантом, но просит исключить выражение «включающего территориальный вопрос». Как бы в качестве компенсации он сообщил о согласии снять ту часть советского проекта, где говорилось о передаче Японии Окинавы и других территорий. Просьбу снять упоминание «территориального вопроса» Хрущев объяснил следующим образом: «…Если оставить указанное выражение, то можно подумать, что между Японией и Советским Союзом, кроме Хабомаи и Шикотан, есть еще какой-то территориальный вопрос. Это может привести к кривотолкам и неправильному пониманию документов, которые мы намерены подписать».[324]
Хотя Хрущев называл свою просьбу «замечанием чисто редакционного характера», в действительности речь шла о принципиальном вопросе, а именно о фактическом согласии Японии с тем, что территориальная проблема будет ограничена вопросом о принадлежности только островов Хабомаи и Шикотан. На следующий день, 18 октября, Коно сообщил Хрущеву: «После консультации с премьер-министром И. Хатояма мы решили принять предложение г-на Хрущева об исключении слов “включающего территориальный вопрос”». В результате переговоров 19 октября 1956 г. была подписана Совместная декларация Союза Советских Социалистических Республик и Японии, в 9-м пункте которой СССР соглашался на «передачу Японии островов Хабомаи и острова Шикотан с тем, однако, что фактическая передача этих островов Японии будет произведена после заключения Мирного Договора между Союзом Советских Социалистических Республик и Японией».Одновременно с Совместной декларацией был подписан протокол, в котором устанавливалось, что до заключения договоров или соглашений, предусмотренных статьей 7 декларации (отношения в области торговли, торгового мореплавания и другие коммерческие взаимоотношения), обе стороны приложат все возможные усилия с целью развития торговли между обоими государствами, для чего предоставят друг другу режим наиболее благоприятствуемой нации в отношении всех видов таможенных пошлин, сборов, таможенных формальностей, а также в отношении судов каждой из договаривающихся сторон в портах. Тем самым закладывалась основа будущего торгового договора и значительного расширения торгово-экономического сотрудничества двух соседних народов. 27 ноября Совместная декларация единогласно была ратифицирована палатой представителей японского парламента, а 2 декабря – при трех «против» – палатой советников. 8 декабря ратификацию Совместной декларации и других документов утвердил император Японии. В тот же день она была ратифицирована Президиумом Верховного Совета СССР. Затем 12 декабря 1956 г. в Токио состоялась церемония обмена грамотами, что означало вступление Совместной декларации и прилагаемого к ней протокола в силу.
После ратификации Совместной декларации из Москвы в Сахалинскую область были направлены разъяснения по поводу предстоящей, как тогда считалось, передачи островов Хабомаи и Шикотан под японскую юрисдикцию. Одновременно подтверждалась линия на хозяйственное развитие остальных островов Курильской гряды. Это свидетельствовало о готовности тогдашнего советского правительства выполнить достигнутые договоренности. Однако США в ультимативной форме потребовали от Японии отказаться от заключения советско-японского мирного договора на условиях Совместной декларации. После отставки кабинета Хатояма новый кабинет министров Японии возглавил Тандзан Исибаси, а спустя три месяца его сменил проамерикански настроенный Нобусукэ Киси (дед нынешнего премьер-министра Японии Синдзо Абэ). Хотя сначала Киси заявлял в парламенте о намерении заключить мирный договор с СССР, затем, уступая давлению США, стал уходить от переговоров по этому вопросу. Для «обоснования» такой позиции вновь были выдвинуты требования вернуть Японии четыре южно-курильских острова. Это был явный отход от положений Совместной декларации. Советское же правительство действовало в строгом соответствии с достигнутыми договоренностями. СССР отказался от получения репараций с Японии, согласился досрочно освободить отбывавших наказание японских военных преступников, поддержал просьбу Японии о приеме в ООН.
В соответствии с условиями Совместной декларации 6 декабря 1957 г. был подписан советско-японский торговый договор и соглашения о товарообороте и платежах. Следует отметить, что это был первый за всю историю советско-японских отношений документ такого рода. Он представлял каждой из сторон режим наиболее благоприятствуемой нации. Срок договора был определен в пять лет.