Со свойственным ему коварством Сталин поручил провести пленум компартии Грузии, посвященный мегрельскому делу и кадровым чисткам, самому Лаврентию Берии. Вспомним, как Жданов в 1946-м вынужден был публично критиковать выпестованную им ленинградскую партийную организацию. Решение послать Берию в Тбилиси могло быть испытанием его верности, но могло стать частью задуманной комбинации по его уничтожению. Так или иначе, Лаврентий Павлович вынужден был рассказывать подчиненным о мегрельских националистах и их связях с иностранными разведками, которые сплошь были его собственными назначенцами. На пленуме Кандид Чарквиани был официально отправлен в отставку, на его место рекомендован недоброжелатель Берии Алексей Мгеладзе, первый секретарь Кутаисского обкома.
После пленума Сталин берет некоторую паузу. Видимо, судьба Берии еще не была решена окончательно. Это было в характере вождя. Вспомним сложную игру, которую Сталин вел с маршалом Жуковым, или то, как он обвинил Микояна и Молотова в шпионаже, оставив их на свободе. Кроме того, неуемная активность Николая Рухадзе начала вызывать беспокойство Сталина. Упивавшийся своим неожиданно приобретенным могуществом, Рухадзе сам, по-видимому, мечтал стать руководителем Грузии и был сильно разочарован итогами пленума. Он начал собирать компромат и выбивать показания на нового первого секретаря, протеже Сталина. Преувеличивая свою личную близость к генсеку, Рухадзе послал протоколы допросов непосредственно Сталину.
Вождь был возмущен такой инициативой, когда без его ведома выбивается компрометирующий материал на только что назначенного начальника. Сталин даже не счел нужным отвечать Рухадзе лично, он написал письмо оклеветанному Мгеладзе и членам бюро ЦК компартии Грузии. В письме вождя говорилось:
ЦК ВКП(б) считает, что т. Рухадзе стал на неправильный и непартийный путь, привлекая арестованных в качестве свидетелей против партийных руководителей Грузии […] Кроме того, следует признать, что т. Рухадзе не имеет права обходить ЦК КП(б) Грузии и правительство Грузии, без ведома которых он послал в ЦК ВКП(б) материалы против них, поскольку Министерство госбезопасности Грузии, как союзно-республиканское министерство, подчинено не только центру, но и правительству Грузии и ЦК КП(б) Грузии.
Судьба Рухадзе была предрешена. Тем более, у Сталина были и другие основания от него избавиться. Рухадзе повсюду хвастался своей близостью к вождю, разбалтывая государственные секреты. Павел Судоплатов рассказывал:
Рухадзе присутствовал на званом ужине, где, сильно выпив, прихвастнул, что он близок к Сталину и тот давал ему инструкции по проведению диверсий и похищений в Турции и Франции. На ужине также присутствовал министр внутренних дел Грузии Бзиава, мегрел, который на следующий день написал письмо только что назначенному министру госбезопасности Игнатьеву в Москву и в нем сообщил о поведении Рухадзе на ужине. Игнатьев доложил об этом Сталину. Сталин приказал показать это письмо Рухадзе и в его присутствии уничтожить письмо. Игнатьев предупредил Рухадзе, что, хотя тот и пользуется еще расположением Сталина, «нельзя позволять себе распускаться».
Вскоре по приказанию Сталина Рухадзе вызвали в Москву и там арестовали. После смерти вождя на свободу его не выпустили. По иронии судьбы, расстреляли его как бериевца.
Итак, к 1952 году положение Лаврентия Берии оставалось тревожным. Мегрелы сидели в тюрьме, их показания можно было использовать в любой момент. Опасной для Берии была чистка в Министерстве госбезопасности. В октябре 1951 года были арестованы министр госбезопасности Абакумов и его заместители генералы Селивановский и Питовранов, начальник следственной части по особо важным делам генерал Леонов, его заместители полковники Комаров и Лихачев.