Через несколько часов пришла телеграмма от Войцеховского о мятеже в Новониколаевске. Его подняли части 1-й Сибирской армии. Полковник Ивакин и губернский Земский собор обратились к населению с воззванием об окончании гражданской войны и переходе власти к земству. Ивакин пытался арестовать Войцеховского, но генерал, взятый под защиту 5-й польской дивизией, сам арестовал мятежного полковника и предал его военно-полевому суду.
Ночью поезда Колчака были переведены на следующую ближайшую станцию, а днем 9 декабря на станции Тайга братьями Пепеляевыми был арестован генерал Сахаров. Формальным поводом для этого стало обвинение его в предательской сдаче врагу Омска. Армия Колчака оказалась без управления. В то же время Пепеляевы предъявили Верховному правителю ультиматум: нужно объявить акт о созыве Сибирского земского собора; срок – до 24 часов 9 декабря. «…Мы говорим вам теперь, что во имя Родины мы решились на все. Нас рассудит Бог и народ».
Верховный правитель поручил Совмину расследовать действия генерала Сахарова. Вскоре арестованный генерал был освобожден. Адмирал, сомневаясь в опытности нового молодого главкома и, видимо, вспомнив совет премьера Пепеляева, направил предложение Дитерихсу возглавить в такое тяжелое время управление войсками фронта. Полученный отрицательный ответ оказался неожиданным и глубоко оскорбившим Колчака. В тот же день ему стало известно, что Красная армия вышла в Минусинск и Новониколаевск. В Красноярске власть захватила местная буржуазия, создав «демократическое правительство».
Оценив сложившуюся обстановку, адмирал принял решение о назначении главнокомандующим армиями Восточного фронта генерала В. О. Каппеля. После непродолжительной беседы с Владимиром Оскаровичем он принял предложенный им план отвода армий за Енисей. После этого положение соединений белогвардейских войск в полосе Сибирской железнодорожной магистрали начало постепенно улучшаться. Помогло и то, что войска, наконец, получили в необходимом количестве зимнее обмундирование.
Однако под Красноярском Каппеля ждала измена. К вооруженному выступлению рабочих примкнул личный состав бригады генерала Б. М. Зиневича. В столь тяжелой ситуации, когда остатки армии оказались фактически в окружении, Каппелль принял неординарное решение. Он официально разрешил всем колеблющимся сдаться, с тем чтобы прорваться на восток только с надежными бойцами.
900-верстовый выход из окружения был крайне тяжелый, на пределе человеческих сил. Сам Владимир Оскарович при переходе через реку провалился в полынью, но продолжил путь, даже не поменяв обуви. В результате произошло обморожение всех пальцев ног, которые пришлось ампутировать. Но уже на следующий день после операции, проведенной без наркоза, генерал отдал свои сани раненым, а сам пересел на коня.
Под Нижнеудинском путь группе Каппеля вновь преградили партизаны и части Восточно-Сибирской Красной армии. Но каппелевцы опрокинули противника. Дальше они двигались вдоль железной дороги, по которой нескончаемым потоком шли эшелоны Чехословацкого корпуса, а также румын и итальянцев, возвращавшихся на родину. Их командиры неоднократно предлагали Каппелю лечь в их лазарет, но Владимир Оскарович решил до конца оставаться со своими солдатами. От переохлаждения он заболел тифом и воспалением легких. Когда остатки армии пришли в Забайкалье, командующего с ними уже не было. 23 января в Нижнеудинске умирающий Каппель передал командование войсками своему заместителю и ближайшему помощнику С. Н. Войцеховскому. Владимир Оскарович умирал на руках своего соратника и друга еще по волжским боям Василия Осиповича Вырыпаева. Вот что вспоминал тот впоследствии: