Имя Колчака, известное на флоте со времени руководимой им спасательной экспедиции 1903 года, после доклада и статьи «Какой нужен России флот» стало еще более популярным среди морских офицеров. 13 апреля 1908 года он был произведен в капитаны 2 ранга. Примерно к этому времени относится и назначение Колчака на должность заведующего одним из ведущих отделов Морского Генштаба – Балтийским театром. Огорчало одно – болезнь и смерть дочери. В тяжелом нравственном состоянии находилась и Софья Федоровна. Горе ее было безутешным…
Резко возросшие в конце XIX – начале XX столетий потребности экономического развития Сибири, укрепления государственных границ России на Севере и Дальнем Востоке и установления кратчайшей и надежной транспортной связи между Балтийским флотом и Сибирской военной флотилией[11]
все настойчивее диктовали необходимость изучения и освоения Северного морского пути из Атлантического океана в Тихий. Важное государственное значение этой водной магистрали понимали не только сибиряки – представители торгово-промышленного капитала, но и военные моряки, ученые и прежде всего С. О. Макаров и Д. И. Менделеев. Они видели реальность арктического судоходства не в далекой перспективе, а уже в ближайшее время с помощью ледоколов. Однако обоснованные экономические соображения деловых кругов и убедительные доводы дальновидных военных моряков и ученых были отклонены. Только поражение России в войне с Японией вынудило царское правительство дать добро на изучение Северного морского пути.Назначенный морским министром в июне 1906 года председатель новой комиссии, член Адмиралтейств-совета, адмирал В. П. Верховский поручил Н. Н. Коломейцеву и А. В. Колчаку написать записки об условиях плавания Сибирским морским путем. В обстоятельной «Памятной записке о плавании Северо-Восточным проходом вдоль берегов Сибири от устья реки Енисей до Берингова пролива» Колчак привел краткую историческую справку о русских гидрографических исследованиях вдоль сибирских берегов, описал навигационно-гидрографические и ледовые условия на Северном морском пути по участкам и выделил как наиболее труднодоступные в ледовом отношении прибрежные воды Таймырского полуострова. В целом же автор записки признал плавание вдоль северных берегов Сибири возможным. К такому же выводу пришел и Коломейцев. В работе созданной комиссии принимали участие: генерал-майор А. И. Вилькицкий (он позже фактически и возглавлял комиссию), полярные ученые, офицеры бывшей экспедиции Э. В. Толля Н. Н. Коломейцев и А. В. Колчак, а позже Ф. А. Матисен и военный инженер-кораблестроитель А. Н. Крылов.
В результате подробного изучения вопроса комиссия предложила исследовать Северный морской путь с помощью двух ледоколов.
Рассмотрев многие варианты экспедиционных судов, комиссия остановилась на предложении Невского судостроительного и механического завода в Петербурге создать два однотипных ледокольных транспорта. После одобрения в высших инстанциях проекта исследования Северного Ледовитого океана, предложенного комиссией, с этим заводом морское ведомство и заключило контракт на постройку двух ледокольных пароходов. Их назвали «Таймыр» и «Вайгач». На должности командиров строившихся судов решили пригласить морских офицеров с опытом полярного плавания. Выбор пал на участников экспедиции Толля, капитанов 2 ранга Ф. А. Матисена и А. В. Колчака. 9 мая 1908 года Николай II подписал приказ о назначении Матисена командиром транспорта «Таймыр», Колчака – «Вайгач».
Первоначально предполагалось обследовать часть побережья и прилегающие воды Северного Ледовитого океана от Берингова пролива до устья Лены, а затем, в зависимости от состояния льдов, продолжать гидрографическую опись до ранее обследованных районов. Весной 1909 года «Таймыр» и «Вайгач» были спущены на воду. Они имели стальные корпуса с усиленным креплением и утолщенной обшивкой, с обводами подводной части, типичными для ледоколов. Все лето и начало осени на них велись достроечные работы. В итоге морское ведомство получило два относительно небольших, но вполне современных судна, пригодных для плавания в Арктике.
Наконец пришло время отплытия. Колчака провожали жена и отец. Софья Федоровна недавно сообщила мужу, что у них снова будет ребенок. Василий Иванович, одетый в форменное пальто с генерал-майорскими погонами, бодрился. Только при прощании, обнимая сына, старый генерал прослезился.
Приняв в Кронштадте уголь, воду и дополнительное необходимое снаряжение, «Таймыр» и «Вайгач» 28 октября 1909 года вышли в море. На борту каждого судна находились: 6 офицеров, врач и около 35 человек команды из матросов-добровольцев военного флота. Из-за незнания ледовой обстановки и навигационно-гидрографических условий в арктических морях организаторы экспедиции приняли решение перегонять свои новые и не испытанные еще во льдах транспортные ледоколы южным путем, через Суэцкий канал.