В учении о Св. Троице и в тринитарной терминологии св. Григорий Нисский стоит на общей почве с Василием Великим и Григорием Богословом и отношение понятий ούσία и ύττόστασις определяет так же, как и св. Василий в известном письме к нему. Но в определении свойств Ипостасей св. Григорий уклоняется и от св. Василия, и от Григория Богослова. Св. Григорий Нисский совершенно не пользуется формулой св. Василия «отчество» и «сыновство»; не обнаруживает он склонности и к созданной св. Григорием Богословом терминологии «рождение» и «исхождение». Свойство Отца он, согласно с другими Каппадокийцами, определяет как «нерожденность». Свойство Сына — «единородность», τό μονογ€νές: Он —Единородный, о μονογενής. Этим св. Григорий Нисский хочет подчеркнуть, что Он — единственный происшедший от Отца через рождение, что в Божестве только един Сын; следовательно, в таком случае совершенно падает утверждение пневматомахов, что с признанием единосущия Духа Сын и Дух были бы братьями. Отличительное свойство Духа состоит в том, что Он не «единородно» от Отца получает бытие, и в том, что Он
Необходимо заметить, что «через Сына» у св. Григория имеет совершенно иной смысл, чем западное Filioque: по св. Григорию, Отец и Сын вместе не являются причиной Духа, но только Отец есть собственная причина Духа; Сын же есть только как бы среда, через которую сила Отца передается Св. Духу.
В христологии св. Григорий Нисский, как и св. Григорий Богослов, защищает то основное положение, что единосущное Отцу Слово восприняло полную человеческую природу. Доказательства этого обстоятельно раскрыты в его творениях против Аполлинария и в своей сущности сводятся к сотериологическому постулату: что не воспринято, то и не спасено; поэтому Христос имел также и человеческий ум (νους). В последнее время возник вопрос, как св. Григорий мыслил человечество во Христе: как индивидуальное или же как реалистически представляемое родовое понятие. Несомненно, что у св. Григория Нисского есть несколько мест, в которых он, по-видимому, говорит, что Христос воспринял человеческую природу и потому в Его Лице непосредственно обожествляется все человечество; следовательно, человечество представляется как единица, которую Христос воспринял и целиком искупил. Однако если даже платоновские идеи и имели влияние на св. Григория, то в данном отношении он опирается не на них, а на собственное воззрение на порядок в сотворении человека. Он пишет (De opificio hominis 16): «Слово Божие, сказав: "сотвори Бог человека", неопределенностью выражения указывает на все человечество; ибо творению не придано теперь имя "Адам", как говорит история в последующем; напротив того, имя сотворенному человеку дается не как какому-либо одному, но как вообще роду. Посему общим названием естества приводимся к такому предположению, что Божественным предведением и могуществом в первом устроении объемлется все человечество». Таким образом, в предведении и всемогуществе Божием установлена та связь, которая дает возможность человечеству явиться единым целым. Но человечество Христа всегда описывается св. Григорием как конкретное и индивидуальное, как отдельный человек, который сравнивается с другими людьми.