За 1885–1889 годы он написал более 50 различных пьес, большая часть из них не сохранилась или осталась недоделанной. Но даже по ним становилось понятным, что молодому музыканту было тесно в рамках академической программы: «Я представляю себе какую-то музыку, совсем не такую, какую сочиняют теперь. В ней будут как будто те же элементы, что и теперь, то есть мелодия, гармония, но все это будет совершенно иное». Из-за творческих разногласий с преподавателем гармонии Скрябин не получил композиторский диплом, несмотря на то что к этому моменту у него уже было 70 музыкальных сочинений. «Не умея считаться с индивидуальностью ученика, он не разгадал в Скрябине зреющего великого художника», – так вспоминал выдающийся историк русской музыки А.В. Оссовский. В 1892 году Скрябин окончил Московскую консерваторию только как пианист по классу Сафонова. Он получил Малую золотую медаль, а имя нанесли на мраморную доску почета у входа в Малый зал Московской консерватории.
Болезнь правой руки вновь дала о себе знать. Чтобы продолжать выступления, музыкант написал произведения для левой руки – «Прелюдия», «Ноктюрн. Опус 9». Тяжелое недомогание натолкнуло его на размышления о жизни: «Первая серьезная неудача в жизни. Первое серьезное размышление: начало анализа. Сомнение в возможности выздороветь, но самое мрачное настроение. Первое размышление о ценности жизни, о религии, о Боге». Тогда появилась Первая соната, в которой отразились эти переживания. Но Скрябин не стал поддаваться мрачным настроениям: выполнял рекомендации докторов и разработал собственную методику упражнений для восстановления руки. Ему удалось вернуть подвижность, однако прежняя виртуозность была утрачена. И он стал акцентировать внимание на умении подчеркнуть тончайшие кратковременные звучания.
В 1893 году некоторые из ранних произведений Скрябина напечатал известный московский издатель П.И. Юргенсон. В это же время была написана уже упомянутая Первая соната и Вторая. В 1894 году В. И.Сафонов помог Александру устроить авторский концерт в Санкт-Петербурге. Молодой музыкант познакомился с известным лесопромышленником М.П. Беляевым, который увлекался музыкой. Вскоре Беляев выпустил сочинения Скрябина в своем издательстве. Долгие годы меценат будет поддерживать композитора материально. Беляев организовал гастроли Скрябина по Европе, тогда о нем начали узнавать не только в России, но и за рубежом. Газеты писали: «…исключительная личность, композитор столь же превосходный, как и пианист, столь же высокий интеллект, как и философ; весь – порыв и священное пламя». В 1898 году Скрябин вернулся в Москву, закончил Третью Сонату. Он занялся преподавательской деятельностью и стал профессором фортепианного класса Московской консерватории. Профессор Венской консерватории Павел Кон писал: «…убедясь в том, что он солидный педагог и ведет свое дело с большим знанием и любовью. Я почти уверен, что он лучший профессор Московской консерватории».
Невзирая на занятость в связи с работой, ничто не могло Скрябина отвлечь от написания музыки. В 1900 году он закончил большое произведение для оркестра. Первая и Вторая симфонии нового шедевра нарушали музыкальные традиции, поэтому премьера его работ вызвала неоднозначное мнение у музыкального сообщества. Композитор А. Лядов писал: «Ну уж и симфония… Скрябин смело может подать руку Рихарду Штраусу…» В 1903 году Скрябин углубился в работу над партитурой Третьей симфонии для огромного состава оркестра. Он ее назвал «Божественной поэмой» – в ней описано развитие человеческого духа. Здесь Скрябин выступил как драматург. Премьера состоялась в Париже в 1905 году, через год – в Санкт-Петербурге. Она оказалась успешной. Борис Пастернак отмечал: «Боже, что это была за музыка! Симфония беспрерывно рушилась и обваливалась, как город под артиллерийским огнем, и вся строилась и росла из обломков и разрушений. Ее всю переполняло содержание, до безумия разработанное и новое… Трагическая сила сочиняемого торжественно показывала язык всему одряхлело признанному и величественно тупому и была смела до сумасшествия, до мальчишества, шаловливо стихийная и свободная, как падший ангел». Русский музыковед А.В. Оссовский вспоминал, что симфония «произвела ошеломляющее, грандиозное действие». Зрителям казалось, что композитор «возвещает в искусстве новую эру».