Бельский поспешил к царю, который готовился к бане. Около третьего часа дня царь пошел в нее, развлекаясь любимыми песнями, как он привык это делать, вышел около семи, хорошо освеженный. Его перенесли в другую комнату, посадили на постель, он позвал Родиона Биркина, дворянина, своего любимца, и приказал принести шахматы. Разместил около себя своих слуг — своего главного любимца и Бориса Федоровича Годунова, а также других. Царь был одет в распахнутый халат, полотняную рубаху и чулки; он вдруг ослабел и повалился навзничь. Произошло большое замешательство и крик, одни посылали за водкой, другие — в аптеку за ноготковой и розовой водой, а также за его духовником и лекарями. Тем временем он был удушен и окоченел».
Смерть Грозного вызвала в Москве массу слухов. Некоторые современники считали, что царя отравили. Дьяк Иван Тимофеев писал: «жизнь яростного царя прежде времени ближние его угасили. Сделал это Борис (Годунов) с Богданом Бельским». О том же сообщает голландский купец Исаак Масса в своих мемуарах: «Бельский подал царю прописанное доктором Иоаганном Эйлофом питье, бросив в него яд». В. Н. Татищев приводит поразительный рассказ монаха Иосифа, келейника патриарха Иова, о смерти Грозной) и Федора Ивановича: «…сказуют, якобы Бельский отцу духовному в смерти царя Иоанна и царя Федора каялся, что зделал по научению Годунова, которое поп тот сказал патриарху, а патриарх царю Борису, по котором немедленно велел Бельского, взяв, сослать. И долго о том, куда и за что сослали, никто не ведал».
Немыслимое на первый взгляд признание Бельского подтверждается «показаниями» другого современника — князя Ивана Михайловича Катырева-Ростовского, который писал о Борисе Годунове: «Едино же имея неисправление и от бога отлучение: ко врачем сердечное прилежание и ко властолюбию несытно желание; и на прежде бывших ему царей к убиению имея дерзновение, от сего же возмездие восприят».
Но если Годунову смерть Ивана Грозного была выгодна как никому другому, ибо наследник престола царевич Федор был женат на сестре Годунова Ирине и находился под сильным влиянием последнего, то Богдан Бельский в результате цареубийства мог оказаться навсегда оттесненным с политического Олимпа.
Однако дальнейшие события показали, что у Богдана Яковлевича были далеко идущие планы.
Незадолго до своей смерти Грозный учредил прямую опеку над сыном Федором, образовав регентский совет, в который кроме Богдана Бельского (он являлся еще и «дядькой» царевича Дмитрия) вошли Иван Мстиславский, Иван Шуйский и Никита Романов.
Сразу после кончины Грозного Бельский предпринял попытку расправиться с другими опекунами. Иностранцы утверждали, что он тайно послал своих людей на Новгородскую дорогу с приказом подстеречь и убить князя Шуйского, спешившего в Москву. Когда этот план не удался, Бельский предпринял попытку государственного переворота в самой столице. Он приказал запереть все ворота Кремля, расставить стрельцов на стенах и приготовить пушки к стрельбе. Лидер «новых опричников» намеревался провозгласить наследником Дмитрия, а себя — единоличным регентом при малолетнем царевиче (родственников последнего Нагих Бельский распорядился взять под стражу, обвинив в измене, в ночь смерти Грозного). Литовский посол Лев Санега писал из Москвы, будто сторонники молодого царевича Дмитрия пытаются силой посадить его на престол.
Переворот не удался. Прослышав про «смуту» в Кремле, около 20 тысяч москвичей собрались с оружием в руках на Красной площади и потребовали показать им живого и невредимого царя Федора Ивановича.
Бунт столичной черни, безусловно, был подготовлен боярами, иначе откуда восставшие взяли пушки, которыми хотели разрушить запертые Фроловские ворота?
Бельский быстро оценил обстановку и вовремя прекратил сопротивление. Приговор для мятежника был достаточно мягок: его всего лишь отправили воеводой в Нижний Новгород. И это объяснимо: Борис Годунов, опасаясь политического конкурента, создал все условия, чтобы у Бельского не возникало желание вернуться в большую политику. Богдана Яковлевича панически боялись даже в ссылке: «Нам царь (Годунов), его сестра царица и вся их семья трепетали от страха перед злой волей Бельского, они искали случая и возможности избавиться от его присутствия», — отмечал очевидец.
Казалось, что Бельского перестали занимать государственные дела. Агенты правительства доносили, что боярин подселился в свою вотчину под Вязьмой и занялся там хозяйством.
Как показали дальнейшие события, это был всего лишь тактический ход.
Кандидат на престол
После того как в 1591 году в Угличе погиб царевич Дмитрий, Бельскому разрешили вернуться в Москву. Мы встречаем нашего героя в свите царя в должности оружничего, в 1593 году он ведет переговоры о вечном мире с крымским ханом.