Подавляя воинствующее галликанство, выставляя себя врагом «соборных» теорий, он, однако, не собирался подчинить французскую Церковь Риму. Он поддерживал папу в противовес соборам и епископам, но собирался сам распоряжаться Церковью в своем королевстве и не упустил ни одного случая показать это на словах и на деле. Он больше всех своих предшественников вмешивался в назначения, сообщая о своем выборе, навязывая его недвусмысленным образом, без всякого удержу, и пуская в ход все средства, чтобы добиться своей цели. Он говорил, что речь идет о безопасности страны и о поддержании общественного порядка, так как опасно назначать епископом человека, связанного с врагом через отношения родства или подданства. При таком подходе завоевание новых территорий должно было вызвать многочисленные отставки. Следуя политике «францизации» и более тесного присоединения новых провинций к владениям короны, он потребовал от папы весной 1477 года восстановить в должности аббата Турнюса Франсуа Савойского, брата королевы Шарлотты, некогда смещенного герцогом Бургундским, который заменил его Жаном де Тулонжоном. Но король ничего не добился: Сикст IV подтвердил полномочия Тулонжона.
7 января 1478 года кафедральный капитул Камбре получил приказ принять в епископы Жака Минутоли, уроженца Лукки, епископа Агды (с 1476 года), вместо Иоанна Бургундского. Оставить в Камбре человека, в свое время поставленного там бургундцами, разумеется, было немыслимо: «Поелику мы ни за что на свете не потерпели бы, чтобы держатель сей должности по-прежнему проживал в оном городе Камбре, лучше бы пожрал его огонь, нежели он прожил там хоть день своей жизни». В Руссильоне король отдал аббатство Арль-сюр-Тек племяннику Бофиля де Жюжа, но папа, еще до получения соответствующего уведомления, назначил другого аббата. Чтобы убедить своего господина вмешаться и принудить папу отменить это назначение, Бофиль напомнил, что монахи сами избрали его племянника, а главное — что это аббатство находится на границе с вражескими территориями, так что лучше иметь там надежного человека.
Как и во множестве других случаев, назначение могло быть способом отблагодарить верного слугу, и в этом Людовик не изобрел ничего нового. Более того, обычно он не делал тайны из своих побудительных мотивов и целей. Хотя он то и дело упоминал о «досточтимых добродетелях и заслугах» своего протеже, он подробнее останавливался на услугах, которые этот человек «и его родичи и друзья оказали нам в прежние времена, оказывают и будут оказывать каждый день в великих делах наших». Он отмечал также, что «некие вельможи нашей крови» умоляли его предоставить место тому или иному человеку.
Надо полагать, что предпочтением пользовались люди, уже облеченные ответственностью и хорошо себя зарекомендовавшие. В 1479 году капитулу Анжера было настоятельно рекомендовано избрать епископом Оже де Бри, благородного анжуйца, состоящего при дворе, «и никого иного». Однако примкнувшие к королю в последнюю очередь могли получить щедрую плату и устроиться лучше, чем другие, хранящие верность уже давно. Когда освободилось место архиепископа Вьенского, король написал 8 июля 1482 года кафедральному капитулу, требуя, чтобы избрали Анджело Като. Тот, уроженец Супино под Беневенто, сначала был тесно связан с анжуйцами и бургундцами, состоял на службе у Карла Смелого, помогая ему во всем до Грансона и Муртена; а потом, поняв, что ничего хорошего здесь уже не светит, примкнул к королю, который сделал его своим врачом и духовником. Он действительно стал архиепископом Вьенским 27 июля 1483 года.