Содержание вдохновившего Бетховена либретто следующее:
Благородный испанский дворянин Флорестан находится во вражде с губернатором-деспотом Пицарро. Когда Флорестан хочет разоблачить перед министром злодеяния губернатора, Пицарро велит схватить его и бросить в тюрьму, где смелый испанец должен умереть голодной смертью. Жена Флорестана, Леонора, решает спасти его во что бы то ни стало. Ей, переодетой в мужской костюм, удается под именем Фиделио поступить в услужение к тюремщику Рокко и заслужить его доверие. Но Фиделио, к своему отчаянию, делается предметом страсти дочери Рокко, Марцелины, и возбуждает ревность в женихе ее, Жакино. Старый Рокко не прочь видеть в Фиделио зятя. Все это усложняет положение Леоноры. Но вдруг приходит весть, что сам министр находится в пути, чтобы лично осмотреть тюрьму. Пицарро решает немедленно, до приезда министра, умертвить своего пленника. Он велит Рокко вырыть могилу в самой тюрьме, и в этом деле Рокко помогает Фиделио, не зная, для кого предназначается могила. Получив от Рокко разрешение утолить голод и жажду несчастного перед его смертью, она приближается к Флорестану и тут узнает его. Для приведения в исполнение своего зверского намерения является Пицарро, но Леонора с оружием в руках бросается между мужем и его притеснителем. В этот момент входит министр, который освобождает Флорестана и чинит суд и расправу над Пицарро. Все кончается прославлением справедливости министра и всеобщей радостью.
На этот сюжет, увлекший его своей идеей, Бетховен написал музыку. Она была сочинена в течение весны и лета 1805 года, и в ноябре того же года опера в первый раз появилась на сцене. Это первое представление состоялось при самых неблагоприятных условиях. Незадолго перед тем французская армия вступила в Вену; большинство лиц высшего круга, в том числе многие из друзей Бетховена, покинули город; в театре присутствовали почти исключительно французские офицеры; само представление прошло неудовлетворительно – оркестр восстал против композитора из-за страшной трудности исполнения его произведения. Оперу приняли с ледяной холодностью, и после трех представлений Бетховен взял обратно свою партитуру. Можно представить себе, какое впечатление произвел на него этот окончательный провал произведения, над которым он работал с такой любовью и увлечением! Он приписывал это проискам и интригам своих врагов. Увлеченный симпатичной идеей, Бетховен не замечал неблагодарности сюжета, лишенного всякого единства и сценического движения. Нужен был поистине тот искренний жар, с которым композитор отнесся к своему детищу, чтобы растопить лед всех бессвязных арий, дуэтов и ансамблей, из которых склеено либретто.