Имелись и другие причины, приведшие к упразднению ВЧК, которые не были связаны с ослаблением внешней и внутренней угрозы существованию советской власти. Первая из них была вызвана объективными обстоятельствами: убийство председателя Петроградской ЧК Урицкого, покушение на Ленина, мятеж левых эсеров, интервенция стран Антанты и начавшаяся Гражданская война вынудили вождей большевиков ответить на белый террор красным террором. В качестве меры социальной защиты они снова восстановили смертную казнь, ввели систему заложничества, а Комиссию по борьбе с контрреволюцией наделили правом внесудебной расправы. И эта, зачастую неоправданная, жестокость в ее деятельности, приводившая в ужас обывателя и в какой-то степени еще оправдываемая военным временем, в мирные дни била по самой власти.
Кроме объективной существовала и субъективная причина того, что на смену ВЧК пришло ГПУ. Она была связана с низким профессионализмом сотрудников и присутствием в ее рядах авантюристов, карьеристов и просто врагов новой власти, особенно в низовом в звене — уездных комиссиях. С первых дней существования ВЧК на Дзержинского, Ленина и других руководителей обрушился поток жалоб на ее сотрудников. Так, 19 июля 1918 года управляющий делами СНК В. Бонч-Бруевич писал Ленину:
17 августа 1918 года уже сам Ленин вынужден был реагировать на произвол начальника одной из уездных ЧК Вятской губернии (ныне Кировская область) и направил телеграмму в местный исполком:
22 сентября 1918 года председатель Котельнического уездного исполкома направил на имя Ленина телеграмму, в которой доложил, что Лубнин освобожден.
Ранее, 17 августа, Ленин вынужден был запрашивать руководителя Брянской ЧК И. Визнера о причинах ареста председателя Бежецкого исполкома Д. Тернавского. Тот был арестован как контрреволюционер, потому что так посчитал Визнер. 18 августа в ответной телеграмме он сообщил:
Таких фактов в деятельности ВЧК было предостаточно, а наступившая Гражданская война их только множила. После ее окончания эта репрессивная машина, набравшая полные обороты, требовала себе новых врагов и своими действиями начинала дискредитировать саму власть, и потому она вынуждена была принимать меры. Упразднив ВЧК и тем самым стреножив родившуюся в «революционной колыбели» и быстро вставшую на ноги спецслужбу, большевистские вожди, сузив сферу репрессий, расширили ее возможности в другой, и весьма специфической, области — негласного политического сыска.
Они, познавшие на себе мощь сети осведомительского аппарата царской охранки и первоначально отказавшиеся от его использования в силу «аморальности», после четырех лет борьбы с внутренней контрреволюцией и иностранными разведками пришли к выводу, что более эффективного и надежного средства контроля за политическими противниками, чем агентура, еще не придумано. И потому, отбросив в сторону моральные нормы, Политбюро ЦК РКП (б) нацелило ГПУ на широкое использование агентуры не только в оперативной деятельности, но пошло гораздо дальше печально знаменитого охранного отделения, рассчитывая с ее помощью обеспечить тотальный контроль за обществом.
В частности, в затерявшемся среди других положений того январского постановления Политбюро ЦК РКП (б) подпункте «а», пункта 8 содержится ключ к будущему всесилию советской спецслужбы. В нем записано: